Do obecného povědomí vstoupil tento panovník jako podivín, který více než vladařským umem a schopnostmi udivoval svojí nákladnou sběratelskou vášní, podporou alchymistů – šarlatánů, na druhé straně však i skutečných umělců a badatelů. Narodil se z nesourodého manželství královského páru Marie Habsburské a Maxmiliána II. Habsburského. Jeho matka propagovala dost ortodoxně katolicismus , na rozdíl od Maxmiliána, který byl nábožensky chladný. Jeho rodiče se také hádali kam ho poslat studovat, ale nakonec zvítězila matka a Rudolf přes otcovu nelibost odjel roku 1563 do Madridu. Rudolf se zde naučil vladařským povinnostem , ale na jeho osobnost silně zapůsobila i velká zbožnost Madridského dvora a stálé vštěpování nadřazenosti panovníka. Když roku 1563 nastoupil Maxmilián na trůn, začal hned usilovat o to aby se Rudolf i jeho bratr vrátili. Rudolf s Arnoštem se vrátili až roku 1571. V září byl princ Rudolf korunován svatoštěpánskou korunou. Ke korunovaci v pražském chrámu sv. Víta dochází 22.9.1575. Rudolf musel slíbit, že se naučí češtinu, protože to bylo staré právo vladařů. V říjnu téhož roku byl také zvolen římským králem a 1.11.1575 slavnostně korunován.
Za necelý rok nečekaná smrt císaře vynesla 24letého Rudolfa na trůn významné středoevropské monarchie. Podle jeho otce vládl Rudolf všude a svým sourozencům vyplácel pravidelné roční důchody. Maxmilián však nezvolil šťastnou cestu a bylo jen otázkou času, kdy se začnou bratři domáhat podílu na moci. Rudolf se pohádal s matkou kvůli postupu Rudolfa v náboženských otázkách. Na konci roku 1580 Rudolf těžce onemocněl. Přes zdánlivé uzdravení se u něj začaly projevovat psychické změny. Měl také problémy se sňatkem. Měl si vzít svou sestřenici, dceru Filipa II., ale pro dlouhé váhání Filip zasnoubení zrušil a vdal Izabelu za Rudolfova bratra Albrechta. To bylo hlavní příčinou Rudolfovy psych. choroby. Lepšit se začala až působením zpovědníka Jana Pistoria, ale od roku1600 trpěl Rudolf stihomamem a depresemi.Na jeho místo se pak snažil dostat jeho bratr Matyáš. Rudolf kvůli udržení moci musel napsat v roce 1609 Rudolfův majestát, který uzákoňoval náboženskou svobodu v Čechách. Konec jeho vlády podmínil i vpád pasovských žoldnéřů v únoru 1611. Po jejich porážce musel Rudolf abdikovat. V lednu 1612 umírá.
Rudolf sbíral všechno umění od obrazů přes sochy až po sklo. Pod jeho podporou pracovali i Tadeáš Hájek z Hájku, Johannes Kepler nebo Tycho de Brahe. .