Díky kulminaci války mezi Anglií a Francií se naskytovala možnost jak zbohatnutí z kořisti z nepřátelských lodí, tak rychlé smrti v boji. Nelson byl přeložen na vlajkovou loď pod vedením admirála Parkera v hodnosti třetího poručíka. Díky tropickému podnebí a válce se stal během tří měsíců prvním poručíkem.
V červnu 1779 byl Nelson jmenován kapitánem fregaty Hinchinbroke. Nelson se k tomu sám vyjádřil: „Obdržel jsem toto jmenování jenom díky tomu, že byl zabit kapitán lodi, a toužebně doufám, že až nastane čas, abych odešel z tohoto světa, opustím ho stejnou cestou jako on.“ Jeho přání se mu nakonec vyplnilo. Už od roku 1774 podnikala Anglie vojenské akce proti svým koloniím v Americe. Vše se vyvíjelo pro Anglii nepříznivě, a tak napadlo někoho z Admirality, získat jako kompenzaci za ztrátu Severní Ameriky Ameriku Jižní. Plán byl takový, že u pobřeží dnešního Hondurasu se vylodí pěší oddíl anglických vojáků, potlačí odpor Španělů a vydá se proti proudu řeky San Juan a zmocní se stejnojmenné pevnosti. S její podporou se měli dostat až k jezeru Nikaragua, odkud řeka vytéká. Pak měli překonat úzký pás pevniny a dostat se k Tichému oceánu. Nelson se měl na akci podílet pouze jako přepravce vojáků k pobřeží. Akce selhala kvůli špatné organizaci. V řece bylo v té době málo vody a čluny se často musely přenášet. Nepodařilo se najmout Indiány jako pomocnou sílu a pomoc neposkytl ani místní guvernér. Po doplutí k ústí řeky San Juan se Nelson rozhodl přidat k expedici. Velel útoku na malou pevnost na řece. Pak začaly deště a s nimi se zhoršil zdravotní stav mužstva a vypukla epidemie žluté zimnice. I Nelson onemocněl a musel být dopraven k pobřeží. Den nato byla dobyta pevnost San Juan.
Z 200 mužů z Hinchinbroke jich po skončení expedice zůstalo naživu pouze deset. Britové ovládali pevnost San Juan pouze pět měsíců. Z celkových 1800 mužů se vrátilo živých a nezraněných pouze 380. Nelson se vrací do Anglie na fregatě Lion a doplouvá tam 24. listopadu 1780. V srpnu 1781 byl Nelson jmenován kapitánem fregaty Albemarle a odplul ke břehům Kanady. Zde se na plese zamiloval (ve 24 letech) do 16leté krásky a chtěl kvůli ní odejít ze služby. Ona jeho lásku neopětovala, a tak odplul. Nelsonova fregata byla převelena do eskadry admirála Hooda. Válka s Amerikou skončila a Nelson se s eskadrou vrátil do Londýna, kde byla posádka Albemarle rozpuštěna. Po rozpuštění posádky v roce 1783 se rozhodl Nelson cestovat. Vydal se do Francie, kde se chtěl naučit francouzsky. To se mu však nepovedlo, protože se opět zamiloval, a to do anglické dívky, svatba se však nekonala, protože byl nakonec odmítnut.