Tím skončil jeho pobyt a pokus o naučení se francouzštiny. Vrátil se do Anglie. Zde se pokusil kandidovat do parlamentu, protože však neměl dostatek vlivných přátel, jeho pokus skončil krachem. Toto dvojité zklamání jím otřáslo, ale náladu mu zlepšilo jmenování kapitánem na lodi Boreas, která plula do Západní Indie.
Zde se Nelson dostal do sporu s admirálem Hughsem a místními obchodníky. Už od dob Cromwella platila Navigační akta, která stanovila, že obchod s anglickými koloniemi se bude uskutečňovat pouze na lodích postavených v Anglii a jejich posádky musí být ze tří čtvrtin z britských poddaných. Po osamostatnění se USA staly cizí mocností a obchod s nimi spadal pod Navigační akta. Za celou dobu kolonizace USA se však obchody tak zaběhly, že teď je nikdo nechtěl měnit a všichni se chovali, jako by Navigační akta neexistovala.
A na to Nelson upozornil nejdřív Hughse, a když ten nic nedělal, tak i jeho nadřízené. Odmítl se řídit Hughsovými rozkazy, za což mohl být souzen, Hughs však nepodal žalobu. Tu však na něj podali místní obchodníci a plantážníci a chtěli po něm 4000 liber šterlingů jako odškodné za škody, co jim svou akcí způsobil. Nakonec se Nelson ze všeho dostal, hlavně díky Londýnu, kde se rozhodli zasáhnout proti nedodržování zákonů. Nelson tedy vyhrál, ale zároveň si znepřátelil mnoho vlivných osobností.
To mu zrovna v tu chvíli nevadilo, protože se ženil. Bral si Frances Herbertovou-Nisbetovou, mladou vdovu s pětiletým synem. Svatba se konala v březnu 1787. Za tři měsíce odplul do Anglie. Manželku nevzal na svou loď, ale poslal ji obchodní lodí.
V roce 1787 byla odvrácena hrozba války, a tak byla posádka jeho lodi rozpuštěna. Usadil se proto s ženou a nevlastním synem na pevnině. Žádal nesčetněkrát admiralitu, aby mu přidělila loď, jeho přání však nebylo vyslyšeno, hlavně kvůli novým nepřátelům, které si udělal při akci s Navigačními akty.
Až v roce 1793, po vypuknutí války Anglie s Francií mu byla přidělena loď a poprvé velel řadové lodi (víc než fregata). Nelson získal loď Agamemnon.

Válka Anglie s Francií
Válka byla vyhlášena 1. února 1793. Jako záminka posloužila poprava
Ludvíka XVI. Napětí se zostřovalo od Velké francouzské buržoazní revoluce v roce 1789. V podstatě šlo o to, kdo získá nadvládu nad světem. Hned po vyhlášení války začala Anglie budovat protifrancouzskou koalici. Uzavírá smlouvu s Ruskem, Pruskem, Rakouskem, Holandskem, Hessenskem-Kasselskem, Neapolskem a Sardinií. Spojencem se stalo i Španělsko, které se bálo o svou monarchii.