I ve Francii propukla kontrarevoluce, jejíž centrum bylo v Toulonu. Povstalci místo obsadili a předali do rukou Angličanům a jejich spojenců. Flotila se tak pod vedením admirála Hooda bez boje zmocnila jedenatřiceti řadových lodí a patnácti fregat plus opevněného přístavu. Admirál vše převzal „do zástavy jménem Ludvíka XVII“. Podle royalistů byl právoplatným dědicem koruny syn popraveného Ludvíka XVI – Ludvík Karel. Ten však zemřel ve vězení v Templu v roce 1795 ve věku deseti let.

Po obsazení Toulonu byl Nelson vyslán do Neapolského království pro posily. Zde se poprvé setkal s britským vyslancem sirem Williamem Hamiltonem (63 let) a jeho ženou Emmou Hamiltonovou (28 let). Posily pro admirála získal poměrně snadno a rychle. Přesto se však Angličanům Toulon udržet nepodařilo. Odpluli s třemi francouzskými řadovými loděmi a devět jich spálili. V Toulonu zůstalo 15 nepoškozených lodí a mnoho fregat a korvet.

Dobývání Toulonu se účastnil i čtyřiadvacetiletý kapitán Napoleon Bonaparte, velící dělostřelectvu. Po osmačtyřiceti hodinovém útoku nastoupila pěchota a s ní už Bonaparte v hodnosti majora. V březnu následujícího roku (1794) Bonaparte velí francouzským jednotkám v Itálii, už jako brigádní kapitán. O pět let později, roku 1799 se s Nelsonem setkají v Egyptě. Po ztrátě Toulonu se admirál Hood rozhodl dobýt Korsiku a vybudovat zde britskou základnu. Po obléhání, kterého se aktivně zúčastnil i Nelson, získali Angličané pevnost Bastiu i Calvi. Při obléhání Calvi udeřila dělová koule obránců do valu před Nelsonem a odletující střepy ho připravily o pravé oko.

Admirál Hood byl odvolán za kritiku admirality ze své funkce a na jeho místo nastoupil John Jervis který dorazil k eskadře v listopadu 1795.
Situace se pro Anglii nevyvíjela výhodně - v roce 1795 vystoupilo Holandsko z protifrancouzské koalice. Hned vzápětí se k Holandsku přidalo i Španělsko a opět se vynořila hrozba válečného konfliktu. Díky svým vztahům ke královské rodině v Neapoli se Emma Hamiltonová dověděla o španělském rozhodnutí vyhlásit Anglii válku a včas o tom informovala Londýn.
Admirál Jervis dostal roku 1796 rozkaz vyklidit Korsiku a přesunout se k Gibraltaru, kde bylo loďstvo kryto pevností ze břehu.

14. února 1787 narazila anglická flotila patnácti řadových lodí pod velením admirála Jervise na španělskou přesilu. Ke střetu došlo u mysu Sao Vicente, nejjižnějšího výběžku Portugalska. Španělé byli rozděleni do dvou oddílů a Jervis se rozhodl zaútočit na větší skupinu a doufat, že ji přemůže dřív, než dorazí druhá.