Na předem domluveném místě se setkal s kapitánem Troubridgem, který mu předal rozkazy „zajmout, potopit, spálit nebo jinak zničit nepřátelské loďstvo“, jakmile bude mít příležitost. Nelson ale stále ještě neměl nejmenší tušení, kam se Napoleon vydal. Situaci mu ztěžovala ztráta fregat používaných běžně k prozkoumávání „terénu“. Jejich velitel totiž usoudil, že se Nelson po bouři vrátí k Gibraltaru a rozhodl se tam na něj počkat.
Poté, co nejdřív propátrali Neapol, Sicílii i Maltu se vydali do Egypta. Napoleon už však věděl, že ho Nelson pronásleduje a zvolil proto jižnější a delší cestu. Nelson se tak do Egypta dostal před ním, a když ho tam nenašel usoudil, že jsou Francouzi na Sicílii a vydal se tam. Díky silnému protivětru tam dorazil až 19. července. Zde doplnili zásoby, které jim na přímluvu Emmy Hamiltonové poskytla neapolská vláda. Pak zamířil zpátky k Alexandrii, kam dorazili za čtyři dny. Francouzská flotila nekotvila v Alexandrii, ale zhruba 30 km východně odtud v Abúkirském záliv. Expedice sem dorazila o měsíc dřív a dávno už se vylodila. Francouzská eskadra kotvila napříč zálivu po větru. Francouzský admirál Francois Bruyes nepočítal, že by ho Angličané napadli, neboť měl převahu jak v počtu děl (1183/1012) tak i námořníků (10 000/8000). Angličanům se podařilo postupně proplout mezi břehem a nejkrajnější lodí. Nelson rozmístil lodě tak, že se čelo a střed francouzské formace octly v palbě ze dvou stran. Kvůli své pasivitě se octlo 7 francouzských lodí proti třinácti anglickým. Půl hodiny po začátku bitvy byly dvě přední francouzské lodě zničeny. Kolem desáté hodiny večerní vybuchla Bruyesova vlajková loď L’Orient. Bitva trvala až do rána. Angličané zvítězili díky lepší organizaci a Nelsonově vypracování plánu bitvy. Vítězství Nelsona u Abúkiru odsoudilo Napoleonovu armádu na souši k porážce - Nelson zorganizoval její blokádu. Výhra posílila postavení Anglie ve světě a přispěla velkou měrou i ke zvýšení autority Pittovy vlády. Nelson získal spoustu dárků od všech, komu vítězství Angličanů u Abúkiru prospělo. Od svého přítele, kapitána Hallowella dostal originální dárek – rakev vytesanou z hlavního stěžně L’Orientu.
Od vlády Nelson dostal pouze titul barona*, což bylo nedocenění jeho úspěchu a bylo nejspíš zapříčiněno nepřátelstvím některých lidí v Admiralitě.
U Abúkiru kotvilo anglické loďstvo do poloviny srpna hlavně kvůli opravám. Pak Nelson vyplul se třemi loděmi k Neapoli, část lodí nechal v Egyptě, aby blokovaly Napoleona a zbytek vyslal k Gibraltaru. *Nejvyšší ze šlechtických titulů v Anglii je vévoda, pak následují markýz, hrabě, vikomt a baron.

22. září 1798 zakotvil Nelson s Vanguardem v Neapoli.