Byl uvítán s italskou pompézností a bujarými oslavami. Neapolskému dvoru odlehlo, že bylo odvráceno nebezpečí francouzského vpádu a svržení monarchie. Zde se Nelson blíže seznámil s dvěma manželskými páry – Hamiltonovými a královským párem: Ferdinand IV a jeho ženou Marií Karolínou, dcerou Marie Terezie. Politiku země měly v podstatě v rukou obě ženy Marie Karolína a Emma. Nelson se zamiloval do Emmy Hamiltonové, která jeho lásku opětovala
a nedokázali se s tím skrývat. Je velice pravděpodobné, že sir Hamilton o jejich vztahu věděl, ale protože měl rád Emmu i Nelsona, tvářil se, že o ničem neví.

Nelson se zatím iniciativně rozhodl vyhnat francouzské pěší vojsko z území papežského státu. Pro vedení války potřeboval peníze a vojáky. Peníze čekal od Anglie a pomoc očekával i od Vídně. Z Vídně poslali generála Macka, který měl stanout v čele třicetitisícové neapolské armády. Rakušané přislíbili další pomoc pouze v případě, že Neapolsko bude napadeno. Anglie také nespěchala s dodávkou peněz. To však královský pár a Nelsona nijak nezpomalilo. 22. listopadu vznesla neapolská vláda požadavek, aby francouzská armáda vyklidila Papežský stát a Maltu. Neapolská vojska vytáhla pod vedením generála Macka a krále Ferdinanda na Řím. Mezitím Nelson dopravil do Livorna 4000 pěších a 600 jezdců. Neapolská armáda vtáhla do Říma, který Francouzi sice vyklidili, zato zaujali výhodné pozice. Proti 13 tisícům mužům táhl Mack s 20 tisíci. Francouzi přešli do protiútoku a neapolští vojáci v podstatě nekladli odpor. Ten samý Mack se pak opět vzdal Napoleonovi tentokrát u Ulmu.
Nelson, který byl z velké části odpovědný za celou akci musel teď evakuovat královskou rodinu z Neapole. 23. prosince 1798 vyplul plně naložený Vanguard s královskou rodinou na palubě směrem k Sicílii. O měsíc později obsadila Neapol francouzská vojska.

Neapolský dvůr se usadil na Sicílii v Palermu. Nelson s nimi zůstal až do května 1799. Milostný vztah mezi Nelsonem a Emmou trval a brzy o něm věděla široká veřejnost. V tomto období se Nelson zúčastňoval mnoha společenských akcí a zároveň propracovával další plány vývoje situace ve Středozemním moři.
Nelson zůstal v Palermu u královského dvora a u Emmy od prosince 1798 do května 1799.

V lednu 1799 uzavřela Anglie spojenectví s Ruskem. V té době uzavřeli Rusové spojeneckou smlouvu s Turky, odvěkými nepřáteli, kteří se teď cítili velice ohroženi. Nelson osobně Rusy nesnášel a hned po Francouzích byli jeho největším nepřítelem.