Anglie zaujala svou obvyklou strategii a chtěla na bedra spojenců přenést co největší zátěž a sama pak z toho těžit. Rusové s viceadmirálem Ušakovovem v čele se zmocnili Jónských ostrovů a dobyli Korfu, kde byla francouzská osádka.
Spor mezi Anglií a Ruskem nastal po vyhnání Francouzů z Malty. Nelsonovým protivníkem-spojencem se stal viceadmirál Ušakov, který svědomitě plnil a zastával zájmy Ruska. Nakonec Malta spadla do rukou Angličanů, to ale mělo za následek zhoršení vztahů mezi oběma zeměmi.
V létě 1799 se Ušakovova eskadra přidala k protireformaci v Itálii a podařilo se jí dobýt Neapol dřív, než tam stihl dorazit Nelson. S Francouzi uzavřeli Rusové příměří a uznali jejich kapitulaci. Neapol byla předána zpět do královské moci. Nelson prohlásil, že neuznává dohodnuté příměří a zajal Francouze a republikány, kteří vyšli beze zbraně z pevnosti a předal je neapolským monarchistům k potrestání. Zajatci byli věšeni, stříleni, čtvrceni a upalováni na náměstích. Bez důkazů, bez soudů. Nelson zde projevil příliš velkou aktivitu, větší než byla nutná, a která vedla k tomuto konci.
1.srpna 1799 začaly v Neapoli obrovské slavnosti a Nelsonovi byl jako vyznamenání udělen titul vévody z Bronte. Zatím se pověsti o Nelsonově milostném poměru dostaly až do Anglie, kde to vyvolalo pohoršení u Admirality. Nelson je odvolán z Neapole a tak 10. června 1800 odplouvá s manžely Hamiltonovými – sir Hamilton byl také odvolán - a královnou Karolínou do Livorna. Putovali přes Vídeň, kde se jim dostalo bouřlivého uvítání, do Prahy, do Drážďan a lodí do Hamburku. 6. listopadu dorazili do Anglie.
Nelsonovo přivítání bylo rozporuplné. Admiralita a smetánka ho vítali studeně, prostý lid s nadšením, jako hrdinu. 1. ledna bylo vyhlášeno jmenování Nelsona admirálem s právem užívat modré vlajky.
Jeho vztah k Emmě byl vášnivý. Psali si milostné dopisy pod falešnými jmény – Thomsonovi. Koncem ledna se Emmě narodila dcera. Narození dítěte bylo zamaskováno a dcerka byla dána na výchovu k paní Gibsonové. Nelson se definitivně rozhodl rozejít se s Fanny. Nerozvedli se, ale žili odděleně. Nelson ji finančně zajistil.

Anglie se v té době rozhodla podniknout baltské tažení. Anglické lodě totiž prohledávaly lodě plující po Baltském moři pod záminkou udržení bezpečnosti. Anglie se snažila ovládnout všechna moře a hlavně námořní obchod. Tomu se ve vlastním zájmu snažily zabránit severské státy, které spolu roku 1800 uzavřely „ozbrojenou neutralitu“. Mezi tyto státy patřilo Rusko, Švédsko, Dánsko a Prusko.