Další pronásledování by bylo neodpustitelná agrese a londýnští lordi už v té době začali jednat s Rusy o míru. V červnu 1801 podepsala Anglie s Ruskem konvenci, ve které obě strany udělaly obchodní ústupky.
Nelson se s loděmi stáhl, a protože se nenaskýtala žádná akce, začal si stěžovat na své zdraví a používal to jako záminku k odvolání z akce, která už neslibovala žádné dění. Nelsonovi byl propůjčen titul vikomta. Jeho přítel Graves byl odměněn bathským řádem. Král ani vláda však neodměnili kapitány sloužící pod Nelsonovým velením, čímž ho značně roztrpčili.

Po návratu do Anglie se Nelson věnoval soukromým záležitostem – Emmě, shánění domu a věnování se své dceři Horatii. Dům si vybral honosný, s názvem Merton Place. V domě se konaly dýchánky, které pořádala Emma, a které nebyly zrovna levné.
6. dubna 1803 zemřel Emmin manžel sir Hamilton.
16. května 1803 byl Nelson jmenován velitelem středomořské eskadry a o dva dny později vypukla další válka mezi Anglií a Francií. 18 května Nelson vyplul v čele své eskadry na vlajkové lodi Victory. Mezitím se v Londýně změnila vláda a v jejím čele stanul opět William Pitt. Nelson byl povýšen na viceadmirála s právem používat bílou vlajku. Koncem roku 1804 vyprovokovali Angličané Španělsko k vyhlášení války, čímž proti sobě dostali silného protivníka v podobě spojených francouzsko-španělských loďstvech. Angličané se oprávněně obávali útoku přímo na anglickou pevninu. Blokovali všechny evropské přístavy, ale blokáda byla často neúspěšná, zvláště za bouře nebo mlhy.
30. března se podařilo francouzskému admirálovi Villeneuovi uniknout z přístavy a Gibraltarem se dostat do Atlantského oceánu. Nelson ho bez rozkazu začal pronásledovat. Jeho plavbě se přezdívalo „dlouhá honička“. Nelsonova posádka byla lépe vycvičena, a tak do Západní Indie dorazil za dvacet čtyři dní, zatímco francouzům to trvalo 34 dní. 4. června už Nelson čekal na Villeneuva u ostrova Barbados a Villeneuv se z obavy před novým Abúkirem obrátil a plul zpět. Cestou do Evropy ho Nelson nedohonil. Nelsonova prestiž velmi vzrostla – zachránil totiž londýnské obchodníky před ztrátami v Západní Indii. Nelson doplul do Portsmouthu, kde ho uvítaly davy lidí. 20. srpna dorazil do svého sídla v Mertonu, jeho dovolená netrvala ale ani dvacet dní a byl odvolán zpět.
13. září v noci odjel z Mertonu do Portsmouthu a nalodil se na Victory. Francouzi se zatím přesunuli se zhruba třiceti loďmi do Cádizu.

Francouzi měli novější lodě, které byly v lepším stavu. Angličané měli zase daleko lépe vycvičenou posádku.

Nelson se rozhodl rozdělit eskadru na dvě části.