V školskom roku 1836-37 sa na základe ustanovenia dištriktuálneho konventu stal Ľudovít Štúr nehonorovaným námestníkom prof. Palkoviča na lýceu. Predurčoval ho k tomu najmä kredit bývalého vynikajúceho žiaka lýcea a erudovanosť v latinskom jazyku (bola vyučovacou rečou na lýceu). Okrem latinčiny počas svojho života výborne ovládal maďarský, nemecký, francúzsky, grécky jazyk a slovanské jazyky - predovšetkým poľský, srbo-chorvátsky, ruský a učil sa aj hebrejčinu a angličtinu. Štúr na lýceu prednášal českú a poľskú gramatiku a dejepis. Súkromne viedol rozsiahlu korešpondenciu s významnými osobnosťami slovanského sveta.

V školskom roku 1836-37 sa vystupňovala nespokojnosť lyceálnych študentov so školským senátom a učiteľmi. Dôsledkom študentských nepokojov bol zákaz všetkých študentských spoločností a spolkov v Uhorsku. Štúr ako zástupca profesora Palkoviča sa preto snažil preniesť časť náplne bývalej Spoločnosti do svojich prednášok v rámci vyučovania.

V roku 1838 sa 24-ročný Ľudovít zapísal na univerzitu do Halle, ktorú (podobne ako univerzitu v Jene a Berlíne) navštevovali evanjelickí vzdelanci a získavali tu vzdelanie najmä z teológie, filozofie, histórie a lingvistiky. Štúr sa počas dvojročného štúdia obšírnejšie oboznámil s Heglovou a s Herderovou filozofiou, ktorých koncepcia dejín ho sprevádzala v celom jeho filozoficko-historickom svetonázore. Dejiny chápal v ich zákonitostiach, ako sled dejov, nasledujúcich duchovný princíp. Po absolvovaní univerzitného štúdia sa v roku 1840 cestou do Uhorska stretol v Prahe a v Hradci Králové s mnohými českými národovcami. V Čechách navštívil aj P. J. Šafárika, ktorý ho upozornil na zostrenú politickú situáciu, ktorá v krajine panovala.

Návrat do Uhorska znamenal pre Štúra začiatok nového boja o udržanie národných práv. Radikálne zákroky uhorských úradníkov a policajtov boli namierené proti snahám zvyšovať vzdelanostnú a kultúrnu úroveň nemaďarských národov. Situáciu sťažovalo aj zvolenie grófa Karola Zaya za generálneho inšpektora evanjelickej cirkvi a. v., ktorý podporoval myšlienku jediného a jednotného národa v Uhorsku - maďarského národa. Zay Štúra osobne poznal a spočiatku prejavoval voči nemu sympatie, pretože si vážil jeho vzdelanosť a nadanie. Neúspešne písomne i ústne vyzýval Štúra k spolupráci pre maďarské záujmy, pretože v nich videl perspektívu pre budúcnosť krajiny.

Po príchode z Nemecka sa Štúr v prvom rade usiloval opäť získať miesto námestníka profesora Palkoviča na Katedre reči a literatúry česko-slovenskej. Nenárokoval si nijaký plat, iba úroky z nazbieraných peňazí na katedru, o ktoré sa mal ešte na polovicu deliť s prof. Palkovičom. Jeho žiadosť však narážala na prekážky, pretože Zay so svojimi prívržencami kalkulovali so zámerom, že po Palkovičovej smrti katedru definitívne zrušia. Vec sa dostala na zasadanie konventov a po dlhých prieťahoch začal Štúr ako suplent prof. Palkoviča prednášať.

Nepoľavujúci tlak na Slovákov zo strany maďarských predstaviteľov prinútil Štúra a slovenských národovcov žiadať ochranu u panovníka. V roku 1842 bola vyslaná do Viedne štvorčlenná deputácia so Slovenským prestolným prosbopisom. V Prosbopise prosili Slováci panovníka o ochranu pred perzekúciou, o možnosť uverejňovať obranné spisy slovenského národa, potvrdiť Katedru reči a literatúry česko-slovenskej na ev. lýceu v Bratislave a zriadiť podobné ustanovizne aj na iných lýceách v Uhorsku a pod. Vo Viedni sa však o osude Slovenského prestolného prosbopisu nerozhodlo, pretože dvor poslal slovenskú žiadosť do Budína na vyjadrenie k uhorskému palatínovi, ktorý všetky požiadavky Prosbopisu zamietol.