Einstein nevyhovel prianiu svojho otca študovať elektrotechniku. Namiesto toho sa rozhodol, na odporúčanie rodinného priateľa, uchádzať sa o miesto na Zürišskej Polytechnike, dnes Eidgenössische Technische Hochschule (Švajčiarska vysoká škola technická). Urobil to napriek tomu, že bol iba šestnásť a polročný a predpísaný vek na vstup bol osemnásť rokov. Navyše mal v tom čase absolvovaných iba šesť rokov vyššieho vzdelania. Keďže mu chýbala maturita, musel v lete 1895 – ako najmladší účastník pohovorov – absolvovať prijímacie skúšky. Namiesto intenzívnej prípravy však uprednostnil cestovanie po severnom Taliansku. Hoci výborne zvládol prírodovednú časť skúšky, všeobecná časť nedopadla najlepšie a Einstein nebol prijatý. Napriek tomu vďaka výsledkom z matematiky a fyziky zanechal dobrý dojem a presvedčil rektora, aby mu sprostredkoval miesto na liberálne vedenej Kantonálnej strednej škole v Arau, kde nastúpil 26. októbra 1895 do tretieho ročníka (11. trieda) so zameraním na techniku.

Počas štúdia býval u rodiny profesora Josta Wintelera v dome naproti škole a zaľúbil sa do Marie, jednej z troch profesorových dcér. (Neskôr, v roku 1910 sa Albetrova sestra Maja zosobášila s Paulom, synom profesora Wintlera a Albertov priateľ Michele Besso sa oženil Annou, ďalšou dcérou profesora.) Aby sa vyhol armáde, koncom januára 1896 sa Einstein vzdal nemeckého občianstva a navyše vystúpil aj zo židovského náboženského spoločenstva. V septembri 1896 tu ukončil štúdium a získal maturitu.

Začiatkom školského roka 1896/1897 začal so štúdiom na Polytechnike v Zürichu, kde bol prijatý už bez prijímacích skúšok a Marie sa presťahovala do Olsbergu. Na rovnakú školu prestúpila aj srbka Mileva Marićová, ktorá v tomto ročníku študovala ako jediná žena rovnaký smer ako Einstein. Einsteinov vzťah k nej prerástol časom do ľúbostného vzťahu.

V roku 1900 získal učiteľský diplom a po piatich rokoch bez štátneho občianstva získal v roku 1901 švajčiarske občianstvo, ktoré si ponechal až do smrti. V tej dobe diskutoval Einstein svoje vedecké záujmy so skupinou blízkych priateľov, vrátane Milevy. S Milevou mal nemanželskú dcéru Lieserl, narodenú v januári 1902 v Srbsku, kde bola aj adoptovaná. Jej osud nie je známy a nie je vylúčené, že zomrela na záškrt, nakoľko v Srbsku bola v tom čase epidémia záškrtu.