Dokud mohl spolupracovat s A.Eliášem - tedy do příchodu Heydricha do Prahy - jeho postup odpovídal premiérově politice retardace. Prezident odmítl v říjnu 1939 slib věrnosti Hitlerovi, říšskému protektorovi K.von Neurathovi podával protesty proti germanizaci, žádal o propuštění zatčených vlastenců včetně vysokoškolských studentů. Přes Eliáše a Z. B. Dohalského byl ve spojení s Benešem. Ještě 12.dubna 1941 sdělil Benešovi: "Souhlasím se společným postupem a podřizuji se mu". Za pět dní odpověděl Beneš do Prahy: "Odpověď Háchy a Eliáše jsem obdržel. Děkuji jim upřímně. Je to odpověď mužná, statečná a důstojná. Nebude jim zapomenuta."

Situace se změnila po příchodu Heydricha do Prahy. Po zatčení Eliáše se zastupující říšský protektor snažil Háchu zlomit rozpoutáním teroru (v rámci prvního stanného práva) a likvidací jemu blízkých osob. Když byl zatčen J. Havelka, Hácha pod hrozbou své demise dosáhl jeho propuštění do domácího vězení, ale Eliáše se mu už zachránit nepodařilo. Navíc Heydrich odhalil Háchovo spojení na Z. B. Dohalského a tlak ještě vystupňoval. Sílil však i tlak na "domácí" frontě od skutečně kolaborantských kruhů, které vycítily svou šanci. Jmenování E.Moravce do vlády na Frankův návrh Hácha ještě v lednu 1942 odmítl, ale nakonec se podvolil. Pak přišel atentát na Heydricha.

Dne 9.června 1942, při pohřbu Heydricha, jednal Hácha v Berlíně znovu s Hitlerem. Vůdce byl nepříčetný. Otevřeně hrozil likvidací a vystěhováním zbytku českého národa ještě během války. V době heydrichiády, po vyhlazení Lidic a masových popravách a výhružkách Hitlera se Hácha zlomil. Navíc u něj postupovala rychle arterioskleróza, a jak po válce prohlásil Národní soud, který nebyl Háchovi nijak příznivě nakloněn, od ledna 1943 nebyl fakticky odpovědný za své činy. Osamělý, nemocný a duševně zlomený starý muž neměl důvěru okupantů, ani českých fašistů, ale už ani domácího a zahraničního odboje. "Háchovština" se stala synonymem pro kolaboraci.

Dne 13. května 1945 byl Hácha na pokyn ministerstva, v jehož čele stál V. Nosek, zatčen na lánském zámku a dopraven do vězeňské nemocnice na Pankrác, kde zemřel ve večerních hodinách 27.června (nikoliv tedy 1. 6., jak mylně tvrdí mnohé slovníkové i publicistické práce). Pohřeb se konal za přísných bezpečnostních opatření na vinohradském hřbitově o tři dny později. Z příkazu ministra vnitra nesmělo být Háchovo jméno vyryto na jeho náhrobním kameni.

V dubnu 1939 popisoval Hácha na Pražském hradě spisovateli K.Horkému své zážitky z Berlína v noci na 15.březen 1939 - to, jak mu Göring hleděl do očí "mazlivě..