A jakoby mimochodem začal opouštět své demokratické partnery z doby povstání.

Ve volbách v květnu 1946 daly dvě třetiny slovenských voličů své hlasy Demokratické straně. Už v červnu téhož roku se jednotné frontě českých politických stran s Husákovou podporou podařilo donutit Demokratickou stranu k podpisu tzv. třetí pražské dohody. Od této chvíle podléhala usnesení Slovenské národní rady schválení československou vládou, pověřenci rady byli přímo podřízeni jednotlivým ministrům pražské vlády. Husák se stal předsedou Sboru pověřenců. Ani to však nestačilo.

Na podzim 1947 byl Husák hlavním režisérem oné "generálky na únor", které se říkalo slovenská politická krize. Organizoval politické provokace proti demokratům, nátlakovými akcemi vyháněl nekomunistické pověřence z jejich úřadů. Jistě se domníval, že na dlouhou dobu posiluje také svoji moc. Vždyť na Slovensku přímo řídil jak SNB, tak StB. Nemohl tušit, že i on sám se brzy stane předmětem zájmu posledně jmenované instituce. A patřilo k jeho pojetí politické morálky, že o dvacet let později - v roce 1968 - se v mnoha projevech snažil vyvolat dojem, že k okleštění a k likvidaci pravomocí slovenských národních orgánů došlo bez jeho přičinění a souhlasu, snad dokonce proti jeho vůli.

Po únoru 1948, kdy už k řízení veřejných záležitostí postačovali úředníci a policie, nebylo ani na Slovensku třeba schopných a inteligentních politiků. Tyto vlastnosti se staly nejenom nežádoucí, ale pro Gottwaldovu stranu přímo nebezpečné. Vzdělaný mouřenín vykonal své dílo. Už předtím ho všichni nenáviděli, nyní přišel jeho čas.

Na jaře roku 1950 byl Husák, spolu s V. Clementisem, L. Novomeským a dalšími, obviněn z buržoazního nacionalismu a odvolán z funkce předsedy Sboru pověřenců. V únoru 1951 byl zatčen a v dubnu 1954, ve vykonstruovaném soudním procesu s tzv. buržoazními nacionalisty, odsouzen na doživotí. Stal se jednou z mnoha obětí systému, který sám budoval.

"Vy ho neznáte," říkal bojovníkům za spravedlnost o Husákovi A.Novotný, "když se dostane k moci, uvidíte, co on je zač." Nakonec i tento český génius průměrnosti povolil a Husák byl roku 1960 propuštěn z vězení a roku 1963 rehabilitován. Nemalou zásluhu na tom měli čeští reformní historici, a z nich hlavně Milan Hübl. V 70.letech se mu Husák "odměnil" sedmiletým vězením. Jiní byli za jeho vlády "pouze" vyhozeni ze zaměstnání.

V 60.letech byl Husák jednou z hlavních osobností reformního proudu. Za pražského jara vystupoval jako věrný stoupenec A. Dubčeka. V dubnu 1968 se stal místopředsedou vlády. Byl jedním z předních iniciátorů ústavního zákona o federativním uspořádání republiky.