Neskôr bol Štefánik poslaný do Talianska zmierniť naštrbené srbsko – talianske vzťahy. Okrem iných cieľov sa snažil nakloniť Taliansko na stranu Československa. Pochopil, že je potrebné vytvoriť samostatnú československú armádu. Keď sa Štefánik vrátil do Paríža v novembri 1917, Beneš mal už pre francúzsku vládu pripravený text štatútu o ustanovení československej armády. Národná zmluva medzi Národnou radou československou a talianskou vládou nazvaná Konvencia je prvým medzinárodným dokumentom, v ktorom sa uznáva samostatný československý štát.

Po dlhom období boja za Československo dostal Štefánik telegram od Šrobára, ktorý súril jeho príchod do Bratislavy. Šrobár sa ho tiež snažil presvedčiť, aby ako dopravný prostriedok použil nie lietadlo, ako mal v pláne, ale vlak. Poukazoval pri tom na časté havárie a nespoľahlivosť lietadiel typu Caproni. Štefánik však trval na tom, že chce ísť lietadlom. Toto rozhodnutie sa mu stalo osudným.

Dňa 4. máje 1919 jeho lietadlo tesne pred pristátím na Vajnorskom letisku havarovalo. Všetci vojaci sa ponáhľali na miesto pádu. Lietadlo medzitým dohorelo a vedľa neho ležal nehybne Milan Rastislav Štefánik, pričom mu krv stekala z nosa. Na Slovensko a Česko doľahol krutý smútok. Každý si uvedomoval, že odišiel človek, ktorého činy pre svoju vlasť sú také neopísateľné, že ostanú nesmrteľné. Na jeho pamiatku bola postavená mohyla bradle od Dušana Jurkoviča.