Lorenz beschrieb in mehrjähriger Forschungsarbeit diese Mechanismen und sorgte damit dafür, dass die Verhaltensforschung an Einfluss gewann. 1937 bis 1940 lehrte Lorenz an der Wiener Universität. Während des Zweiten Weltkrieges arbeitete er als Neurologe in einer psychiatrischen Klinik und wurde dann an die Ostfront versetzt. Er geriet in russische Kriegsgefangenschaft, aus der er erst 1948 wieder entlassen wurde. 1940 veröffentlichte Lorenz einen Artikel, wegen dem er später stark kritisiert wurde. In diesem Artikel verglich er die Domestizierung der Tiere mit der des Menschen und warnte vor einer genetischen „Entartung“. Weiterhin befürwortete er darin die Rassenideologie der Nazis. Lorenz gab später zu seiner Verteidigung an, dass er diesen Artikel nur auf Druck der nationalsozialistischen Behörden geschrieben habe.

Nach Entlassung aus der Kriegsgefangenschaft führte Lorenz seine Forschungen in Altenburg fort. Mit Hilfe finanzieller Unterstützung der Max-Planck-Gesellschaft wurde 1955 in Seewiesen nach Vorstellungen Lorenz mit dem Bau eines Max-Planck-Institutes für Verhaltensphysiologie begonnen. Von 1958 bis 1973 war Konrad Lorenz dort erst als stellvertretender Leiter und später als Leiter dort tätig. Danach kehrte er nach Wien zurück und leitete dort das Institut für vergleichende Verhaltensforschung. 1973 erhielt er zusammen mit Nikolaas Tinbergen und Karl von Frisch den Nobelpreis für Medizin. Lorenz veröffentlichte mehrere populäre Bücher. In seinem Buch „Das sogenannte Böse“ befasste er sich mit der Aggression. Darin vertrat er die These, dass aggressives Verhalten angeboren ist und natürlich. Beim Menschen sei jedoch durch die Erfindung der Waffentechnik das Gleichgewicht zwischen Tötungspotential und sozialer Hemmung aus den Fugen geraten. Seine Ansichten boten Anlass für zahlreiche Diskussionen.