Auch wenn manche der Regeln später Abänderungen erfahren mussten, blieb doch das Ausmaß von Mendels Erkenntnissen auf die Biologie und die Genetik unbestritten. Mendel waren außerdem die Theorien und Arbeiten Darwins bekannt und ihm ging es um eine Einordnung seiner Ergebnisse zur darwinschen Theorie der Evolution. Er schickte Darwin sogar ein Exemplar seiner Arbeit, das dieser allerdings nie gelesen hat. Man fand es ungeöffnet in seinem Nachlass. Bei seinen Versuchen schien Mendel schon zu ahnen, nach was er suchte: Er glaubte, das es diskrete Einheiten geben musste, die die Träger der Vererbung waren. Mendel sprach in seinen Aufzeichnungen von „Elementen“. In dieser Beziehung war der Einfluss seiner physikalischen Ausbildung erkennbar, der in den „Elementen“ der Vererbung die Parallele zu den Grundeinheiten der Materie, den Atomen, sah (die Atomtheorie fasste damals unter den Physikern immer mehr Fuß). 1865 veröffentlichte Gregor Mendel seine Ergebnisse in einem Aufsatz, den er „Versuche über Pflanzenhybride“ nannte. Seine Erkenntnisse wurden allerdings weitestgehend ignoriert oder stießen bei dem damaligen Stand der Forschung auf Unverständnis. Die nicht zur Kenntnisnahme seiner Forschungen und die anschließenden Untersuchungen an anderen Pflanzen, bei denen sich seine vorherigen Ergebnisse nicht bestätigten, bewogen Mendel, die Forschung völlig aufzugeben. 1868 wurde Mendel zum Abt des Klosters ernannt. In seinen letzten Lebensjahren war Mendel mit dem Staat in einen Steuerstreit verwickelt und litt an verschiedenen Krankheiten.

Erst im Jahre 1900, sechzehn Jahre nach Mendels Tod, entdeckten die drei Botaniker Hugo De Vries, Carl Correns und Erich Tschermak, seine Ergebnisse wieder, als sie ähnliche Forschungen zur Vererbung anstellten. Seitdem gilt Mendel als derjenige, der die Grundlagen der Vererbungslehre entdeckt hat.