Franklin, který shlížel na Tammany Hall s odporem, se rozhodl kandidovat za severní oblasti státu, kde se na demokraty pohlíželo spíše jako na kuriózní pozůstatky staré newyorské strany založené ve Washingtonových a Jeffersonových časech Georgem a DeWittem Clintonovými a Aaronem Burrem. V roce 1910 byl zvolen do senátu New York.
Ve svém prvním funkčním období se s vervou pustil do prosazování zákonů chránících přírodu a omezujících lov a rybolov, zástupci Tommany Hall se zase snažili zkrátit pracovní dobu žen a dětí. Roosevelt začal sondoval, zda by nebylo možné založit v Demokratické straně frakci(7), jenž by se proti mašinérii Tammany Hall postavila. Výsledek se brzy dostavil: Roosevelt byl vyškrtnut ze seznamu delegátů na stranický konvent(8), z něhož měl toho roku vzejít prezidentský kandidát. Přesto se jej na vlastní náklady zúčastnil a snažil se přesvědčit váhající delegáty, aby hlasovali pro newyorského guvernéra Woodrowa Wilsona(9) byl nakonec skutečně nominován na prezidenta za Demokratickou stranu. Ve volbách roku 1912 se většina voličů vyslovila Rooseveltovo setrvání v senátorském křesle. Tammany Hall jej během kampaně nepodporovala, ale nevystupovalani proti němu. Prezidentské volby vyhrál Wilson a do Bílého domu se po šestnácti letech vrátili demokraté. Franklin Delano Roosevelt dorazil 4. března 1913 na inauguraci(10) do Washingtonu s vírou, že jej federální vláda pověří úřadem na úrovni celního revizora newyorského přístavu. Místo toho byl jmenován - podobně jako v devatenácti letech 19. století Theodore Roosevelt - náměstkem ministra námořnictva. Funkce se zhostil s nadšením a se slovy: „Celý život mám slabost pro lodě.. a post vicemistra budu zastávat obzvlášť rád.“
Roosevelt, jehož působení na ministerstvu sa časově krylo s první světovou válkou, do níž USA vstoupily v roce 1917, se tak ocitl v centru všeho dění. Roku 1918 navštívil Londýn, Paříž a západní frontu. V říjnu, po návratu do Washingtonu, požádal Wilsona o převedení do aktivní služby. Prezident však žádost zamítl a v listopadu válka skončila.
Během sedmiletého působení na ministerstvu si Roosevelt udělal dobré jméno a v roce 1920 jej demokraté nominovali na víceprezidenta. Bílý dům ovládli na dalších dvanáct let republikáni. Roosevelt přijal porážku s lehkým srdcem, vždyť mu bylo teprv osmatřicet. Rozhodl se rozmnožit svůj majetek podnikáním a stal víceprezidentem záruční společnosti. Nemoc však zhatila všechny plány a změnila celý jeho život.
Na dovolené, kterou strávil na ostrově Portobello u pobřeží Nového Brunšviku s manželkou a syny( Rooseveltovi měli šest dětí, z nich jedno v útlém věku zemřelo), onemocněl obrnou a od pasu dolů natrvalo ochrnul. Řadu měsíců pohlcovalo jeho energii úsilí udržet se vzpříma vsedě na lůžku.