Juraj Jakubisko debutoval ako režisér v roku 1967 dlhometrážnym hraným filmom Kristove roky. Filmy Zbehovia a pútnici (1968), Vtáčikovia, siroty a blázni (1969) a tragikomédia Dovidenia v pekle, priatelia (1970, dokončená 1990) boli v 70. rokoch normalizačnou cenzúrou zakázané a režisér sa mohol venovať len dokumentárnej tvorbe. Až v roku 1979 nakrútil hraný film Postav dom, zasaď strom a v roku 1980 trojdielny televízny film Nevera po slovensky. Vrcholom jeho tvorby 80. rokov je historická sága Tisícročná včela (1983), ktorá získala množstvo ocenení podobne ako filmová rozprávka Perinbaba (1985). Vo filmoch Sedím na konári a je mi dobre (1989) a Lepšie byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý (1992) sa témou ľúbostného trojuholníka vrátil k svojej tvorbe 60. rokov. Od roku 1993 žije v Prahe, kde nakrútil filmy Nejasná správa o konci světa (1997) a Post coitum (2004). Je členom Európskej filmovej akadémie, od roku 2001 docentom na FAMU.
Dokumentárne filmy a spravodajské šoty o Jurajovi Jakubiskovi:
1968 Film o filme č. 2/1968
1986 Film o filme č. 1/1986 – Tri stretnutia
1989 Portrét režiséra
1997 Nejasná plavba na koniec světa
2001 Monológ Juraja J.
2001 Nenakrútené filmy Juraja J.
2003 Stretnutie s Jurajom Jakubiskom
Významné ocenenia:
1988 titul zaslúžilý umelec
1989 Čestné uznanie a plaketa RAI II za doterajšiu filmovú tvorbu (46. MMF Benátky)
1998 Cena Maverick za celoživotné dielo (Taos Talking Picture Festival Santa Fé)
Uznanie za vynikajúci výkon vo filmovom umení (21. medzinárodný filmový festival, Denver)
Cena Mateja Hrebendu za prínos k rozvoju česko-slovenských vzťahov
2000 Zlatá pečať za významný prínos v rozvoji umenia a filmu (udelená Juhoslovanskou filmotékou na Prehliadke filmov Juraja Jakubiska v Belehrade)
Prvé miesto v kategórii Najlepší slovenský režisér (Anketa 2000 – anketa slovenských filmových novinárov a kritikov)
2001 Cena za celoživotnú umeleckú činnosť (Masarykova akadémia umenia, Praha)
Cena Českej filmovej a televíznej akadémie za najlepší filmový plagát k filmu Kytice – J. Jakubisko (udelená pri vyhlásení nominácií cien Český lev 2000)
2002 Zlatá kamera za celoživotný prínos slovenskej kinematografii (cena udelená počas otváracieho ceremoniálu 10. MFF Art Film Trenčianske Teplice 2002)
2003 Český lev 2002 za dlhoročný umelecký prínos českému filmu (udelený Českou filmovou a televíznou akadémiou)
Pribinov kríž II. Triedy
2007 Kryštáľový glóbus za mimoriadny umelecký prínos svetovej kinematografii (udelený na medzinárodnom filmovom festivale Karlovy Vary)
tvorba
Réžia:
1957 Šupka a šupáci
1960 Čistič okien
1961 Každý deň má svoje meno
1961 Strieborný vietor
1963 Mikulaschski týdeník
1962 Občasník II. („To chce klid“)
1963 I. třída
1963 Mlčení
1963 Tri rozprávky
1963 Vrtuľka
1964 Chlapcovo dlhé čakanie
1965 Déšť
1966 Čekají na Godota
1966 Korytári
1966 Vysťahovalec
1967 Kristove roky
1967 Zbehovia
1968 Zbehovia a pútnici (Zbehovia, Dominika, Pútnici)
1969 Vtáčikovia, siroty a blázni
1972 Stavba storočia
1973 Ondrej Nepela
1973 Výstavba tranzitného plynovodu ZSSR, NDR, Západná Európa
