Weimar

Bach dostal miesto dvorného organistu a komorného muzikanta na dvore vojvodu Wilhelma Ernsta vo Weimare. Bach sa presťahoval v polovici júla roku 1708 so svojou tehotnou manželkou a s celým svojim domácim zariadením do Weimaru. Dňa 29. decembra 1708 je krst jeho prvého dieťaťa Cathariny Dorothei.

Začiatkom februára 1709 cestuje Bach do Mühlhausenu, kde odovzdáva ďalšiu kantátu zloženú pri príležitosti výmeny rady. Aj túto znova vytlačili na náklady tunajšej rady, ale do dnešných čias sa nedochovala. Dňa 24. novembra 1710 je krst jeho najstaršieho syna Wilhelma Friedemanna. V dňoch 21. a 22. februára je Bach vo Weißenfelse pri príležitosti slávností k narodeninám vojvodu Christiana von Sachsen-Weißenfels. Pravdepodobne hrajú Jagdkantate (Poľovnícku kantátu) BWV 208. Dňa 23. februára, na narodeniny vojvodu, sa rodia dvojičky Maria Sophia a Johann Christoph. Pre ich zlý zdravotný stav dostavajú núdzový krst. Johann Christoph umiera krátko potom, Maria Sophia 13. marca.

Koncom roka 1713 Bach pravdepodobne hľadal nové miesto. Uchádza sa o miesto organistu na Liebfrauenkirche (Kostole milostivej panny) v Halle. Po prednesení jednej skúšobnej kantáty dostáva 14. decembra vymenovanie, tohto miesta sa však napokon zriekol. Bach je menovaný 2. marca 1714 za koncertného majstra vo Weimare s patrične vyšším platom. S týmto postom je spojená úloha, že Bach musí každé 4 týždne skomponovať jednu novú chrámovú kantátu pre danú nedeľu. Ako prvá zaznie v Kvetnú nedeľu 25. marca 1714 kantáta Himmelskönig sei willkommen (Nebeský kráľ buď vítaný) BWV 182. Bach potom v pravidelných odstupoch skladá ďalších aspoň 20 diel, ktoré tvoria základnú časť neskorších Lipských kantátových ročníkov.
Druhý syn Carl Philipp Emanuel sa rodí 8. marca 1714. Až 19. marca posiela Bach rade v Halle definitívne odmietnutie.
Ďalší syn Johann Gottfried Bernhard sa rodí 11. mája 1715. Vojvoda Johann Ernst zu Sachsen-Weimar umiera 1. augusta. Z dôvodu nariadeného dvorného smútku sa tri mesiace nehrá žiadna hudba.

Dňa 1. decembra 1716 umiera chorľavý prvý kapelník Johann Samuel Drese, ktorého post fakticky zastáva už dlhšiu dobu jeho syn ako 2. kapelník. Bach nie je, ako to on očakával, vymenovaný za 1. kapelníka. Možno preto hľadá nové miesto, ktoré nakoniec nachádza v Köthene.

Už 1. augusta dostáva plat z Köthenu, 5. augusta nastupuje v Köthene do služby. V septembri 1717 cestuje Johann Sebastian Bach na dvor do Drážďan, kde sa má konať súperenie so slávnym organovým virtuózom Louis Marchandom, ktoré sa však nakoniec nekoná. Bach žiada o prepustenie zo služieb vo Weimare, čo mu jeho zamestnávateľ odmieta pre „tvrdohlavosť“. 6. novembra ho dokonca zadržia u krajinského sudcu. 2. decembra ho púšťajú a prepúšťajú "v nemilosti".

Köthen

Od decembra 1717 do roku 1723 je Bach kapelníkom na dvore kniežaťa Leopolda von Anhalt-Köthen v Köthene. V čase od 15. do 18. decembra 1717 sa Bach nachádza v Lipsku kvôli organovej skúške v Kostole sv. Paula. Dňa 15. novembra 1718 sa mu rodí syn Leopold August. Bach získa preňho, tak ako pre skoro všetky svoje deti, vysokopostavené osobnosti za krstných rodičov, úradujúce knieža Leopold von Anhalt-Köthen, jeho súrodencov Augusta Ludwiga a Eleonóru Wilhelminu, tajného radcu Christopha Josta von Zanthier a manželku dvorného majstra Gottlob von Nostiz. Sotva rok staré dieťa pochovali 28. septembra 1719.
Ako príspevok k hudobnej výchove svojich deti začína Bach 22. januára 1720 písať klavírnu knižku pre najstaršieho syna Wilhelma Friedemanna. Ako každý rok cestuje dvor s kniežaťom do Karlových Varov a pobúda tam dva mesiace. Pri návrate 17. júla už tam nenachádza svoju manželku Mariu Barbaru, ktorú už 7. júla pochovali. Tento zážitok pravdepodobne znamenal preňho zvrat v jeho živote, ktorý chápal Köthen ako doživotné miesto pôsobenia. Aj knieža Leopold sa odvracia od jeho súborovej hudby smerom ku klavírnej hudbe. Slávne miesto v Bachovom liste z 20. októbra 1730 adresovaného Georgovi Erdmannovi sa azda dotýka zmeny hudobného vkusu na kniežacom dvore, pričom hlavnú vinu nespravodlivo dáva manželke kniežaťa: Tamže [v Köthene] milostivé a muziku tak milujúce ako aj znajúce knieža som mal, u ktorého som tiež život celý svoj stráviť domýšľal sa. No muselo sa už tak prihodiť, že sa spomenutý serenissimus s berenburgskou princeznou oženil a už tak to začalo vyzerať, akoby musikálny sklon zmieneného kniežaťa pobledúval, poťažmo sa táto nová kňažná amusikálnou zdala byť. Toto je potvrdené aj skutočnosťou, že po Bachovom odchode z Köthenu zostáva jeho miesto neobsadené. Napriek tomu po svojom odchode môže nosiť titul kapelníka a dodáva aj po roku 1723 hudbu k slávnostiam kniežacieho dvora.

V septembri 1720 sa uvoľnilo miesto organistu v Kostole sv. Jakuba v Hamburgu, o ktoré sa Bach uchádza. Hamburgská rada ho pozýva ku skúšobnej hre, musí ale odriecť, pretože miesto je spojené so zaplatením vysokej sumy. Aj venovanie – z 24. marca 1721 – v takzvanom Brandenburskom koncerte (BWV 1046-1051) pre markgrófa Christiana Ludwiga z Brandenburska možno vidieť vo svetle hľadania nového miesta.
Dňa 22. februára 1721 umiera Bachov brat Johann Christoph v Ohrdrufe.
Dňa 3. decembra 1721 berie si Johann Sebastian speváčku Annu Magdalenu, najmladšiu dcéru kniežacieho dvorného a poľného trubača zo Sachsen-Weißenfelsu Johanna Kaspaara Wilckeho. Anna Magdalena prišla v roku 1720 na Köthenský dvor ako sopranistka.