Bach bol aj náruživý učiteľ hrania na nástrojoch a učiteľ kompozície. Jeho žiaci žili v jeho rodine, aj dlhšiu dobu, a získavali významné miesta ako kapelníci a učitelia. Práve oni udržovali pri živote jeho meno a jeho hudobné dielo aj v druhej polovici 18. storočia. Okrem jeho synov to bol najmä Johann Ludwig Krebs a Johann Philipp Kirnberger. Napriek tomu bolo Bachovo dielo v prvých osemdesiatich rokoch po jeho smrti len málo prítomné a na verejnosti sotva hrané. Preto sa aj tak veľa z jeho diel nezachovalo.

V roku 1789 zavítal Wolfgang Amadeus Mozart do Lipska a vypočul si v Kostole svätého Tomáša Bachove moteto "Singet dem Herrn ein neues Lied" (Spievajte Pánovi novú pieseň). Keďže bol mimoriadne dojatý, zahĺbil sa do ďalších partitúr Bacha, ktoré sa mu podarilo zohnať. Stopy tohto stretnutia sú v Mozartových neskorších dielach jasne počuteľné. Felixovi Mendelssohn Bartholdymu patrí zásluha za to, že novou premiérou Matúšových pašií 11. marca 1829 skoro osemdesiat rokov po jeho smrti dostal J. S. Bacha znova do povedomia širokej verejnosti. Tým dal obrovský podnet pre zverejnenie Bachovej hudby.
Na jeho počesť mu postavili bustu vo Walhalle.