Napriek tomu, že už prekročil štyridsaťtriročnú vekovú hranicu vojnového pilota, získal povolenie lietať na prieskumnej (neozbrojenej) verzii lietadla P-38 Lighting. Po dvoch prieskumných letoch ale dostal kvôli nehode zákaz ďalších letov, odišiel teda do Alžírska, kde chcel dokončiť Citadelu, knihu, ktorú písal s prestávkami po celý život a nestihol ju dokončiť. Úpenlivými prosbami si vymohol od amerického generála povolenie zúčastniť sa piatich ďalších akcii. Svoj limit však Exupéry vysoko prekročil až na deväť letov.

31. júla 1944 o ôsmej hodine štyridsiatich piatich minútach štartuje pilot Antoine de Saint-Exupéry z leteckej základne v Borgu na severe ostrova Korzika na zvyčajný prieskumný let nad dovtedy okupovaným južným územím Francúzska. Prieskumné lietadlo Lighting s pilotom Saint-Exupérym sa nikdy z tohto letu nevrátilo. Antoin de Saint-Exupéry sa stratil kdesi nad vodami Stredozemného mora. Zmizol zo sveta tajomne a krásne ako jeho Malý princ. Iba najšľachetnejším z ľudského rodu sa dáva výsada takejto smrti.

V roku 2000 potápač z prístavu Marseille Luk Vanrell našiel a vyfotografoval vrak lietadla v stometrovej hĺbke ktoré by mohlo patriť Saint-Exupérymu. Historik Philippe Castellano sa domnieva že ide o ten istý stroj, v ktorom letel v osudný deň autor Malého princa. „Je vylúčené, aby na fotografiách bolo iné lietadlo než to, ktoré patrilo Saint-Exupérymu“ povedal Castellano. Jeho telo nebolo objavené a príčina jeho zmiznutia sa asi nikdy neobjasní. Mystérium jeho smrti zostane aj naďalej Saint-Exupéryho legendou.