Ľudovým a pútavým slohom chcel upozorniť ľud, že nastávajú nové časy, v ktorých má platiť príslovie: Žáden bez práce nejída koláče. Fándly bol smelým kritikom žobravého mníšstva, otvoreným odporcom zneužívania náboženstva a ľudovej poverčivosti v prospech záhalčivých mníchov. Jeho kritika sa síce dovolávala cirkevných autorít a autority Jozefa II., ale jej predsvedčivosť a ostrosť pochádzali z vedomia, že bráni záujmy chudobného ľudu. Bola to kritika taká smelá, že musela vyvolať prudkú polemiku a nakoniec aj zákrok cirkevnej vrchnosti. Od leta 1789 do leta 1790 vzniklo päť polemických spisov. Fándly napísal svoju odpoveď v treťom diele Dúvernej zmluvy, ktorý spolu so štvrtým dielom zostal pre cirkevný zákaz v rukopise. V treťom diele preukázal dokladmi, aké ohromné bohatsvá sa dostali do moci reholí, ktoré tento kapitál nechávali ležať ľadom namiesto toho, aby ho použili na verejné dobro. Po tomto pravdivom obraze života ľudu navrhuje, aby sa bohatstvo zrušených kláštorov použilo na zmiernenie biedy, na poskytnutie zárobku stavaním fár, škôl a nemocníc. Veľkosť Fándlyho charakteru sa osvedčila v nasledujúcich rokoch, keď písal a vydal jeden za druhým poučné spisy pre ľud, nedajúc sa odradiť Bajzovými útokmi ani nepriazňou cirkevnej vrchnosti. Svoju úlohu kňaza chápal od začiatku ako úlohu osvietenského buditeľa medzi ľudom. Ešte prv, než prišiel do styku s mládežou okolo Bernoláka, konal v malom kruhu svojho pôsobiska to, čo potom chcel uskutočniť pomocou Tovarišstva v celom národe. Na založení Tovarišstva mal veľký podiel, stal sa jeho hlavným organizačným činiteľom a pokladníkom, čo bola pri vydavateľskej práci najťažšia úloha. Fándly študoval odbornú literatúru, poznal novinky lepšieho hospodárenia a pri svojej fare obrábal kúsok poľa,skúšajúc uplatniť to, o čom sa dočítal. Ba napomáhal aj domáci priemysel spoluprácou pri založení manufaktúr, aby zaobstaral ľudu zárobok. Súčasne písal knihy, aby získané poznatky rozšíril medzi roľníkov. Keď vzniklo Tovarišstvo, mal už svoj ľudovýchoný program pripravený. Roku 1792 vyšiel v Trnave jeho Piľní domajší a poľní hospodár, vynaučujíci ňevedomého pochibujícího hospodára. Ešte toho istého roku vyšiel druhý diel na 464 stranách pod názvom Druhá stránka. Roku 1800 vyšla Treťá stránka piľného domajšího a poľného hospodára. V nej oznamuje, že má v rukopise pripravených ďalších päť zväzkov, z ktorých je už štvrtý v tlači. Tieto knihy, ako sám uvádza, poučujú najmä o chove dobytka, koní a hydiny a ich liečení.