Štúdium na bratislavskom lýceu pozostávalo z dvojročného humanitného štúdia a z ďalších dvoch ročníkov, absolvovanie ktorých bolo podmienkou pre získanie ďalšieho vyššieho - univerzitného vzdelania. Na lýceu existovala od roku 1803 Katedra reči a literatúry česko-slovenskej, ktorú viedol profesor Juraj Palkovič. Evanjelické lýceum v Bratislave bolo jedinou vyššou strednou ev. školou v Uhorsku s takouto katedrou. Prednášky sa viedli v biblickej češtine, keďže táto bola už tri storočia jazykom slovenských evanjelických vzdelancov. Najmä pre pokročilý vek profesora Palkoviča, ktorý mu nedovoľoval prednášať v stanovenom rozsahu učivo, založili študenti v roku 1829 Spoločnosť česko-slovenskú (zakladanie spolkov a spoločností bolo na lýceách bežné: spolky si zakladali maďarskí aj nemeckí študenti). Medzi hlavné úlohy Spoločnosti patrilo aktívne sa vzdelávať v rodnej reči, cvičiť sa v gramatike, písať literárne práce a študovať dejiny slovanských národov.

Po príchode do Bratislavy sa Ľudovít stal jedným z jej členov. Zo zápisníc Spoločnosti vyplýva, že bol aktívnym a svedomitým študentom. Jeho húževnatosť priniesla svoje plody aj v celkovom štúdiu na lýceu. Z predmetov si zvlášť obľúbil dejepis, čítal antických autorov, zaujímal sa o estetiku a dejiny umenia. Spomedzi slovanských spisovateľov si vážil diela J. Hollého, J. Kollára, P. J. Šafárika, F. Palackého a iných.

Na jeseň 1835 sa Štúr stal podpredsedom Spoločnosti (bývalo zvykom, že post predsedu zastával niektorý z profesorov). V rámci rozvíjania hlbšieho národného povedomia organizovali členovia Spoločnosti rôzne slávnosti, návštevy a podujatia. Jednou z významných aktivít niektorých členov Spoločnosti bola vychádzka na Devín 24. apríla 1836. Akcia bola, vzhľadom na spoločenskú situáciu, pripravovaná v tajnosti. Na Devíne spomenul Štúr vo svojom príhovore históriu Veľkej Moravy a po odznení básní a piesní si účastníci výletu zvolili k svojmu menu druhé, slovanské meno, ktoré mali verejne používať. Tak prijal Hurban ku krstnému menu Jozef slovanské meno Miloslav, August Škultéty - Horislav a pod. Štúr si pridal meno Velislav (týmto menom sa však podpisoval už aj predtým v Spoločnosti česko-slovenskej).

V školskom roku 1836-1837 sa na základe ustanovenia dištriktuálneho konventu stal Ľudovít Štúr nehonorovaným námestníkom prof. Palkoviča na lýceu. Predurčoval ho k tomu najmä kredit bývalého vynikajúceho žiaka lýcea a erudovanosť v latinskom jazyku (bola vyučovacou rečou na lýceu). Okrem latinčiny počas svojho života výborne ovládal maďarský, nemecký, francúzsky, grécky jazyk a slovanské jazyky - predovšetkým poľský, srbo-chorvátsky, ruský a učil sa aj hebrejčinu a angličtinu. Štúr na lýceu prednášal českú a poľskú gramatiku a dejepis. Súkromne viedol rozsiahlu korešpondenciu s významnými mužmi slovanského sveta (Palacký, Jungmann, Šafárik, Kollár a iní).

V školskom roku 1836-1837 sa vystupňovala nespokojnosť lyceálnych študentov so školským senátom a učiteľmi. Dôsledkom študentských nepokojov bol zákaz všetkých študentských spoločností a spolkov v Uhorsku. Štúr ako zástupca profesora Palkoviča sa preto snažil preniesť časť náplne bývalej Spoločnosti do svojich prednášok v rámci vyučovania.

V roku 1838 sa 24-ročný Ľudovít zapísal na univerzitu do Halle, ktorú (podobne ako univerzitu v Jene a Berlíne) navštevovali evanjelickí vzdelanci a získavali tu vzdelanie najmä z teológie, filozofie, histórie a lingvistiky. Štúr sa počas dvojročného štúdia obšírnejšie oboznámil s Heglovou a s Herderovou filozofiou, ktorých koncepcia dejín ho sprevádzala v celom jeho filozoficko-historickom svetonázore. Dejiny chápal v ich zákonitostiach, ako sled dejov, nasledujúcich duchovný princíp. Po absolvovaní univerzitného štúdia sa v roku 1840 cestou do Uhorska stretol v Prahe a v Hradci Králové s mnohými českými národovcami. V Čechách navštívil aj P. J. Šafárika, ktorý ho upozornil na zostrenú politickú situáciu, ktorá v krajine panovala.

Posledné roky

Po neúspechu výpravy v roku 1849 a po opätovnom sklamaní z cisárskeho dvora, ktorý Slovákom sľuboval podporu v boji proti maďarským radikálom, sa Ľudovít ocitol v nepriaznivej situácii. Žiadosť o povolenie vydávať slovenské politické noviny (Slovenské národné noviny zanikli v revolučných dňoch) a pokus získať oficiálne povolenie Tatrína, stroskotali. Štúr v tomto období nadviazal na svoju činnosť z predošlých rokov a venoval sa slovanskej ľudovej tvorbe a pracoval na spise Slovanstvo a svet budúcnosti.