1604 o hejtmanství na Novém Městě Pražském), ale vcelku bez úspěchu.Podobně dopadávaly jeho snahy o přiznání doživotní penze za věrné služby.Nicméně mohl v klidu a ústraní svého venkovského panství sepisovat paměti na svou cestu do Svaté země.Když tato vyšla s požehnáním samotného císaře v roce 1608,byla okamžitě vřele přijata Harantovými součastníky.
Roku 1607 umírá při porodu druhého dítěte žena Barbora a Harant musí převzít panství na Pecce,které do této chvíle sama a velice energicky a úspěšně spravovala.Situace je navíc komplikována náhlým návalem jeho poviností u dvora a vyžaduje si častý pobyt v Praze v roce 1608.Z této doby také zaznamenáváme Harantovo zranění,jenž utrpěl při pádu z koně.
V památném roce 1609 se nejen podílel na politickém životě v Čechách - podle svědectví Harantova mladšího bratra Jana Jiřího to byl právě Kryštof Harant,kdo odevzdával zástupcům českých stavů ve sněmu Majestát císaře o náboženské svobodě - ale také se znovu oženil.Toto manželství s Annou Salomenou Hradištskou z Hořovic a na Vildštejně nebylo snad tolik šťastné jako předcházející,ale vzešly z něho čtyři zdravé děti.Navíc paní Salomena byla velmi zámožnou nevěstou a výbornou hospodyní.Byla možná přísná na poddané a v manželství samotném "nestálá a vrtkavá",ale jinak doznalo panství na Pecce potřebných změn k lepšímu.Především se Harantovi konečně podařilo získat celý zámek,z něhož vlastnil doteď pouze polovinu.Ještě malou poznámku ke vztahu Kryštofa Haranta ke svým poddaným.Jako vzdělaný a esteticky založený člověk s hlubokou křesťanskou morálkou se k nim choval vždy slušně a ohleduplně.
V době vpádu Pasovských do Čech v roce 1610 projevil Harant osobní statečnost při vyjednávání s nepřítelem.Také celou dobu informoval císaře o situaci a tento často žádal jeho radu.Nablízku císaři zůstal až do jeho smrti v lednu 1612. Krátce na to byl Rudolfovým nástupcem Matyášem propuštěn z císařských služeb bez nároku na penzi,i když zatím jen dočasně.
Od té doby se zdržoval na Pecce v blízkosti manželky,dětí a svých knih a hudebních nástrojů.Věnoval se také intenzívně správě panství po vzoru svého souseda Zikmunda Smiřického, který sídlil na blízkém Kumburku.Věnoval se komponování, konečně mohl osobně přihlížet všemu o čem se v dobách jeho císařské služby dovídal jen z dopisů manželky a správce. Přesto jako již mnohokrát v životě nemohl utéci tomu,co ho velmi trápilo.V této době to byl pocit zneuznanosti ve službě dvoru.I když mu panství a společenský kredit společně s přátelstvím s mnoha významnými osobnostmi dával šanci na klidný život bez strádání,přesto v něm uzrávala myšlenka na další společenský postup,což by ovšem znamenalo se přidat na stranu opozice proti Matyášovi,která začala nabývat na síle.K tomuto přesvědčení mu dopomáhaly i četné kontakty se synem Zikmunda Smiřického Albrechtem Janem.
Rok 1614 znamenal pro Haranta poslední příležitost osvědčit se ve službách habsburského domu.Císař Matyáš ho vyzval,aby odevzdal ve Španělsku králi Filipu III. zlaté rouno z pozůstalosti Rudolfa II.Harant této příležitosti využil k poznání podstatné části západní Evropy.Po svém návratu do Čech byl s definitivní platností propuštěn po téměř 15-ti letech věrných služeb.V zemi mezitím značně zhoustla atmosféra.Stavovské politice se nedařilo prosazovat se na sněmu,císař tíhnul ke stále zřetelnějšímu absolutismu.Sám Harant cítil habsburskou křivdu hned dvakrát - jako příslušník stavů a jako bývalý komorník císaře.Zde se patrně počala jeho konverse,někdy kolem roku 1618 pak přestoupil na víru podobojí.Ač je to bezesporu jedna z nejtemnějších kapitol Harantova života (z důvodu pramenného materiálu),lze to chápat jako akt vzdoru.Ač to znamenalo do jisté míry šok pro jeho okolí,on sám dospěl ke konversi pozvolna.Snad mu nová pozice vyhovovala lépe pro jeho naturel tolerantního a neortodoxního člověka.Tomu by odpovídalo i přání jenž vyslovil ve své závěti,aby nebyly jeho děti svěřeny do péče jezuitů.