V septembri 1720 sa uvoľnilo miesto organistu v Kostole sv. Jakuba v Hamburgu, o ktoré sa Bach uchádza. Hamburgská rada ho pozvala ku skúšobnej hre, musel ale odriecť, pretože miesto je spojené so zaplatením vysokej sumy. Aj venovanie – z 24. marca 1721 – v takzvanom Brandenburskom koncerte (BWV 1046-1051) pre markgrófa Christiana Ludwiga z Brandenburska možno vidieť vo svetle hľadania nového miesta.
Dňa 22. februára 1721 umiera Bachov brat Johann Christoph v Ohrdrufe.
Dňa 3. decembra 1721 si berie Johann Sebastian speváčku Annu Magdalenu, najmladšiu dcéru kniežacieho dvorného a poľného trubača zo Sachsen-Weißenfelsu Johanna Kaspaara Wilckeho. Anna Magdalena prišla v roku 1720 na Köthenský dvor ako sopranistka. Podľa nej vznikol aj krátky cyklus pre klavír, ktorý sa volá Malé skladbičky pre Annu Magdalénu Bachovú.
Dňa 5. júna 1722 zomrel v Lipsku "Thomanerkantor" (umelecký vedúci chlapčenského zboru Thomanerchor v Lipsku) Johann Kuhnau. Prvá skúška na uvoľnené miesto sa konala už 14. júla v Lipsku. Uchádzači boli Georg Philipp Telemann, Johann Friedrich Fasch (kapelník na dvore Anhalt-Zerbst) a Christian Rolle (hudobný riaditeľ v Magdeburgu). Zvoleným sa stal Telemann, ktorý však kvôli zvýšeniu platu nenastupuje a zostáva v Hamburgu.
Dňa 7. februára 1723 sa koná druhá kantorátna skúška v Lipsku. Bach prednáša kantátu Jesu nahm zu sich die Zwölfe (Ježiš si zobral k sebe tých dvanástich) - BWV 22. Konkurentmi boli Georg Friedrich Kauffmann z Merseburgu, ktorý dobrovoľne odstupuje, Johann Christoph Graupner (kapelník z Darmstadtu) a Balthasar Schott (organista v Novom kostole v Lipsku). Zvolený je Graupner, ktorý však nemôže nastúpiť, pretože ho hessenský krajinský gróf z Darmstadtu odmieta prepustiť zo služieb. Tak sa stáva Bach „ako druhý v poradí“ thomanerkantorom v Lipsku. Bach zostáva thomanerkantorom až do svojej smrti. Mal nielen hudobné povinnosti v Kostole sv. Tomáša, ale musel aj vyučovať latinčinu na pričlenenom internáte. V roku 1729 prevzal aj Collegium musicum. V lipskom období vzniklo najviac jeho chrámových kantát, ako aj Jánove pašie a Matúšove pašie. V posledných rokoch života Bach celkom oslepol; v roku 1749 sa podrobil operácii na oboch očiach. Zomrel 28. júla 1750 v Lipsku. Po dvojnásobnom premiestnení sa jeho hrob dnes nachádza v lipskom Kostole sv. Tomáša.
Bacha považujem nie len ja, ale aj celý svet za jedného z najvýznamnejších a najvplyvnejších skladateľov všetkých čias. Na jeho dielo sa možno pozerať ako na neprekonaný záver barokovej hudby, pôsobí však až do dneška. Za jeho života nedostalo jeho skladateľské dielo veľké uznanie, najmä ak ho porovnáme napríklad s jeho súčasníkmi Georgom Friedrichom Händelom alebo Georgom Philippom Telemannom. V celej Európe bol Bach vo svojej dobe známy hlavne ako virtuózny hráč na organ a čelo, ako aj majster improvizácie. Ďalej mal vynikajúce meno ako znalec organov, keďže sa celý život o ne zaujímal.
Prakticky vo všetkých druhoch hudby postavil novú latku, tak suverénnym ovládaním hudobnej techniky (kontrapunkt; polyfónia; harmónia), ako aj hĺbkou duchovnej penetrácie. Jedinou výnimkou je opera, kde Bach nevytvoril žiadne diela. Niektoré jeho svetské kantáty (označoval ich ako Dramma per musica) by bolo možné považovať za malé operety. Bachove chrámové diela sú poznačené jeho hlbokou protestantsko-luteránskou religiozitou. Zanechal okolo 250 kantát, z toho asi 200 cirkevných. Vo svojich kantátach a pašiach sa Bach často nechal inšpirovať populárnymi chorálmi evanjelického spevníka. Veľkú časť jeho tvorby považujeme za stratenú. Bach zložil pravdepodobne pätoro pašií. Jánove a Matejove pašie sú jediné autenticky zachované. Predpokladá sa, že medzi troma stratenými dielami sú Lukášove a Matúšove pašie. Piatu stratenú pašiu považujú bádatelia za pravdepodobnú prepracovanú jednochorovú variantu Matejových pašií.
Okrem vplyvu ako hudobník a skladateľ mal Bach veľký vplyv aj na hudobnú teóriu. Najmä so svojimi učebnými skladbami (napr. Temperovaný klavír), presadil temperovane ladenú náladu, s ktorou bolo možné používať všetky druhy tónov kvintového kruhu. Zaviedol tiež nové techniky hrania, najmä na organe. Podľa mňa, asi za najznámejší prínos môžeme považovať používanie palca ako plnohodnotného prsta. Keďže dobre poznal nedostatky jemu dostupných hudobných nástrojov, požadoval a podporoval ich ďalší vývoj. Mal veľký vplyv najmä na vývoj klávesových nástrojov a vývoj čembala k pianoforte, ktoré mu ležalo na srdci.
Mal 20 detí. Kvôli ťažkej dobe však iba máloktoré prežili prvé tri roky života: dvaja synovia a päť dcér z prvého manželstva so sesternicou Mariou Barbarou a so speváčkou Annou Magdalenou Wilckenovou, ktorú si zobral 3. decembra 1721 po smrti Marie Barbary, ďalších sedem dcér a šesť synov.
Bachova tvorba znamenala veľmi veľa pre hudobný rozvoj. Svojou tvorbou inšpiroval mnoho ďalších nielen hudobných umelcov.
