Dúfal totiž, že mladý režisér sa zľakne mimoriadne náročného projektu a bude povoľný. Stal sa však presný opak. Kubrick zavrhol pôvodnu koncepciu filmu a presadzoval vlastné nápady a kritériá. Viacero členov realizačného štábu jeho autoritatívne vystupovanie poburilo. Napríklad kameraman Russell Metty sa sťažoval producentom, že režisér prevzal jeho prácu. Kubrick mu kontroval tým, aby si sadol a radšej nič nerobil. Metty ustúpil a paradoxne získal Oscara za kameru. Ďalším hollywoodskym dielom mal byť western Krivak (1961) s Marlonom Brandom. Lenže tentoraz producenti nechceli ustúpiť zo svojich predstáv a film napokon nakrútil samotný Brando. Kubrick, roztrpčený Hollywoodom a ďalším nevydareným manželstvom, presídlil do Anglicka. Ako sa ukázalo, natrvalo - nakrútil tu všetky svoje ďalšie filmy. Ako svoj prvý britský film vytvoril Lotitu (1962) - nesmierne precízne realizovanu snímku, aby si nepohneval cenzorský úrad, ktorý mohol v tom čase veľmi znížiť potenciál komerčného úspechu filmu. Vojnova paródia Dr. Divnovlasha alebo Ako som sa naučil nerobiť si starosti a mať rád bombu s Petrom Sellersom v trojúlohe znamenala pre Kubricka veľké riziko - do toho času sa čokoľvek "nukleárne" nepovažovalo za komické. Hoci pôvodne sa uvažovalo o dráme, Kubrick sa rozhodol, že množstvo nápadov, ktoré vymyslel, je, skrátka, príliš komických, než aby ich niekto mohol brať vážne. Divácka reakcia i úspech u kritiky priniesli čoraz uznávanejšiemu tvorcovi finančnú i umeleckú slobodu.
Na ďalšom filme spolupracoval s autorom vedecko-fantastickej literatúry Arthurom C. Clarkom. Film 2001: Vesmírna odysea (1968) dodnes platí za najlepšie dielo sci-fi žánru. Potom nakrútil Mechanický pomaranč (1971), ktorý, pokiaľ išlo o kontroverznosť témy, súperil s Lolitou - tentoraz však nielen zobrazovaním sexu, ale aj násilia. Barry Lyndon (1975) znamenal bod obratu v Kubrickovom profesionálnom i súkromnom živote. Jeho neúprosné požiadavky na maximálne výkony a dokonalosť hercov i štábu sa stali legendárnymi. Vyžadoval napríklad nakrúcanie desiatok záberov bez prestávky. Pri filmovaní v Írsku, ktoré zahŕňalo i vojenské záležitosti, režisér dostal správu, že ho teroristická IRA vyhlásila za možný cieľ. Produkcia okamžite opustila krajinu a Kubrickova túžba po súkromi a bezpečí spôsobila, že sa stal z neho veľmi utiahnutý samotár.
V polovici 70. rokov dostal Kubrick ponuku režírovať pokračovanie komerčne veľmi úspešného filmu Vyháňač diabla, čo síce odmietol, ale po päťročnej príprave nakrútil vlastný horor Osvietenie (1980) podľa predlohy Stephena Kinga.