Ale neskôr vyšlo najavo, že jeho množstvo, získané viacročnou kultiváciou, nestačí ani len na to, aby pomohlo jednému jedinému človekovi. V roku 1929 vydal pomerne vágny opis svojho objavu a začal sa venovať ďalším problémom. Ale zo začiatku nevzbudili veľkú pozornosť. Sám síce predpovedal, že penicilín mohol byť významný v lekárstve avšak nedokázal vyvinúť techniku ako získať čistý penicilín a masovo ho vyrábať, a tak sa tento skvelý liek viac než desať rokov ešte nevyužíval. Už nikdy potom nespravil Fleming nijaký prevratný objav ako tento.

Výroba penicilínu

Penicilín by sa ako antibiotikum nikdy nezačal používať, keby nebolo vynikajúceho austrálskeho patológa Howarda Waltera Floreya. V roku 1935 sa vo veku 37 rokov stal riaditeľom Dunn School of Pathology v Oxforde, kde prijal nadšeného biochemika Ernsta Borisa Chaina, nemeckého Žida, ktorý práve unikol pred nacistami. V úsilí nájsť protibakteriálne substancie spoločne systematicky študovali vedeckú literatúru. Po preštudovaní viac ako dvesto prác Chain objavil Flemingovu správu. Našťastie už mali k dispozícii vzorku plesne Penicillium notatum a začali ju kultivovať. Zakrátko narazili na ťažkosti pri izolovaní aktívnej ingrediencie od kvapaliny, ktorú pleseň produkuje - len jedna milióntina tvorí čistý penicilín. Asi by sa boli vzdali, keby Norman Heatley, ďalší biochemik v tíme, nebol navrhol spôsob premeny penicilínu na kvapalinu prostredníctvom zmeny jeho kyslosti.
Medzitým sa Veľká Británia ocitla vo vojne. Napriek nedostatku prostriedkov a zariadení a hrozbe leteckých útokov pokračovali obidvaja v rafinovaní lieku a začali ho testovať. 25. mája 1940 naočkovali ôsmim myšiam smrteľné dávky streptokokov. Štyri z nich potom dostali penicilín. Nasledujúce ráno o 3. hodine a 45. minúte boli myši, ktoré nedostali penicilín, mŕtve, kým ostatným sa darilo dobre. Florey všeobecne považovaný za zdržanlivého, bol nadšený: "Vyzerá to ako zázrak!" Uvedomil si možnosti tohto lieku, najmä pri liečení ranených, a tak sa jeho univerzitná katedra stala továrňou. Heatley zistil, že najlepšou nádobou na kultiváciu penicilínu je lôžková misa.
Napokon všetci dospeli k názoru, že je čas vyskúšať liek aj na ľudskom organizme. Stal sa ním policajt Albert Alexander, ktorý bol na pokraji smrti s telom pokrytým abscesmi. K dispozícii mali tak málo penicilínu, že počas prvého dňa liečby opätovne zbierali pacientov moč, aby získali napäť aspoň minimálne množstvo penicilínu. Tento mu potom podávali na tretí deň. Na štvrtý deň sa jeho stav o trochu zlepšil, ale keď sa zásoby lieku minuli, pacient zomrel.