Röntgen prevzal Nobelovu cenu, ale peňažnú odmenu 50 000 švédskych korún poukázal univerzite vo Würzburgu.
Röntgen bol neprístupný pre všetky návrhy na finančné využitie jeho objavu, hoci ako písal: „Američania mi kývali miliónmi dolárov pred očami“. Röntgenové lúče sa stali majetkom celého vedeckého sveta. Röntgen však neustále pracoval ďalej, pokúšal sa o odhalenie podstaty objavených lúčov a túto prácu neprerušil po dlhé roky.
Povolanie Röntgena na katedru fyziky v Mníchove v roku 1900 bolo ďalším vyznamenaním. Napriek sľubom, podmienky vedeckej práce na novom mieste boli podstatne horšie ako vo Würzburgu. Ľahostajný k poctám, nespokojný s výsledkami vlastnej práce a znepokojený chorobou manželky, Röntgen začal javiť sklony k melanchólii.
V prvých rokoch prvej svetovej vojny sa musel Röntgen ako každý iný občan podriadiť predpisom o racionalizácii potravín. Inými slovami začal hladovať a na bedrá sedemdesiat ročného starca padla aj starosť o dom. Práca v laboratóriu, teraz dvojnásobne namáhavá, pohlcovala zvyšky jeho síl.
V roku 1922 mu dávny priateľ umožnil stráviť dovolenku vo Švajčiarsku. Do Mníchova sa vrátil oživený a so sviežimi dojmami, avšak zakrátko ho opustili sily a objavili sa dávne choroby, spôsobené nedostatočnou výživou.
Röntgen bol veľmi skromný a tichý človek. Nadovšetko mal rád pobyt v prírode a obľúbil si hlavne bavorské Alpy. V krajnom vyčerpaní zomrel 10. februára 1923 vo svojom dome v Mníchove na rakovinu čriev.