storočia prináležal k malej skupine českých vzdelancov, ktorá sa sústredila okolo Josefa Jungmanna. Aj napriek tuhému policajnému režimu, národnostnému útlaku a neutešeným materiálnym podmienkam sa rozhodli písať a vydávať vedeckú a odbornú literatúru v českom jazyku.
Purkyně považoval túto činnosť za správnu, nevyhnutnú, vedecky zdôvodnenú a výrazne sa v nej angažoval. Ale ani v prvej polovici 19. storočia nenachádzame v Purkyňovom chápaní spoločenskej funkcie vedy rozpor medzi jej poznávacou a národnoobrodeneckou funkciou, medzi vedou svetovou a národnou, ani obetovanie úrovne vedeckého poznatku jeho – inak potrebnej – popularizácii. V tom sa odlišoval od niektorých členov Jungmannovej skupiny. V 50. a 60. rokoch 19. storočia sa Purkyněstal ústrednou osobnosťou v procese vytvárania pevných inštitucionálnych, organizačných a tiež filozofických základov novovekej českej prírodovedy a medicíny a významnou osobnosťou českej kultúry a politiky v najširšom zmysle slova.