Otec bol v tom čase preč, tentoraz v Južnej Amerike. Primičnú svätú omšu v rodnej farnosti slúžil 14. augusta. Na túto výnimočnú udalosť prišli takmer vštci obyvatelia Pietrelciny. Pre podlomené zdravie páter Pio v rokoch 1911 - 1916 žil v Pietrelcine. Medzi rokmi 1915 a 1918, teda počas prvej svetovej vojny, opakovane ho povolávali do armády a zakaždým ho prepustili, lebo zdravotný stav mu neumožňoval vykonávať vojenskú službu. V roku 1916 rehoľní predtavení preložili pátra Pia do kláštora v San Giovanni Rotondo. Plnil tam úlohu duchovného vodcu chlapcov, ktorí sa pripravovali na rehoľný život. Voči chovancom bol mierny a bezprostredný. Rád s nimi vtipkoval a zabával ich. Keď 20. septembra 1918 páter Pio kľačal pred krížom, dostal stigmy čiže päť Kristových rán. Správa o tejto udalosti sa rozniesla rýchlosťou blesku. Zároveň sa šíril chýr o hlbokom náboženskom živote pátra Pia a o nezvyčajných javoch, ktoré sa spájajú s jeho osobou. To spôsobilo, že chodilo za ním čoraz viac ľudí. Modlil sa s nimi, bol im k dispozicii v spovednici, radil im. Pretože prichádzali početné zástupy veriacich, pomáhali mu aj iní rehoľní kňazi. Rástol počet pristupujúcich k svätému prijímaniu. V tom čase páter Pio začal stavať nemocnicu. S pomocou niektorých lekárov starý kláštor klarisiek prestavali na nemocnicu, ktorú zasvätili svätému Františkovi. Boli v nej dve izby s dvadsiatimi lôžkami, operačná sála a pomocné miestnosti. Nemocnica, ktorú otvorili v roku 1925, bola malá, ale pre potreby malého mestečka San Giovanni Rotondo a pre jeho okolie vystačila. Laici, ktorým toto dielo zverili, sa však svojich povinností dobre nezhostili. Nemocnica začala upadať. Skvelá iniciatíva pátra Pia bola premárnená. V polovici tridsiatich rokov nemocnica prestala existovať. Skazu zavŕšilo zemetrasenie v roku 1938, keď sa časť budovy zrútila. Satan nespí, preto tam, kde sa rozvija dobro, objavuje sa zlo. O osobe pátra Pia začali kolovať čoraz nevyberanejšie klebety a ohovárania. Aby sa predišlo nezdravému rozruchu okolo osoby pátra Pia a jeho činnosti, Posvätné ofícium v roku 1923 uvalilo naňho isté obmedzenia. Odporúčali mu napríklad neslúžiť svätú omšu o tej istej hodine, ale v rôznom čase, neukazovať stigmy a nedávať si ich bozkávať, neodpovedať na listy. Navzdory týmto opatreniam nadšenie okolo pátra Pia vzrástalo. Ľud mal obavy, aby ho zo San Giovanni Rotondo nepreložili do iného kláštora. Preto ľudia pozorne sledovali kláštor kapucínov, obsadili cesty a kontrolovali prichádzajúcich do kláštora i tých, čo z neho odchádzali.