Policia zacala presetrovat aj jeho juhoamericke dokumenty, preto aby sa vyhol zatknutiu podplatil ich a znovu usiel. V roku 1956 ziskal v Buenos Aires dokumenty na svoje vlastne meno a neskor dokonca aj pas Spolkovej republiky Nemecko na meno Jozef Mengele. A hoci bol na zozname hladanych osob, nebolo proti nemu vznesene ziadne oficialne obvinenie. V maji 1959 sa odstahoval do Paraguaja. 5.7.1959 na zaklade podkladov jedneho vazna z Osviencimu vydal nemecky federalny sud na Jozefa Mengeleho zatykac a obvinil ho zo sedemnastnasobnej ukladnej vrazdy. Nemecka tajna sluzba ho zacala hladat v Argentine, pretoze nevedela, ze sa medzitym prestahoval. V roku 1979 na dovolenke nedaleko brazilskeho Sao Paola, ako si bol zaplavat, dostal mrtvicu a zomrel. Jozef Mengele bol pochovany pod menom Wolfgang Gerhard na cintorine Panny Marie Ruzencovej v Embu.

Mengeleho experimenty boli kombináciou vedeckých,rasistických a ideologických úcelov nacistického režimu. Je dnes nepredstavitelne ,co sa dialo za drotenymi plotmi koncentracnych taborov.Okrem premyslenej priemyselnej likvidacie ludi, sa nasli aj stovky lekarov, ktori sa nestitili vykonavat pokusy na muzoch, zenach i detoch, aby naplnili svoje pochybne vedecke ambicie.