Keď ho stráž jedného dňa na pápežov príkaz odmietla pustiť do pápežského paláca Michelangelo stratil trpezlivosť a vydal sa na cestu do Florencie. V Siene ho dostihol Leo Baglioni so skupinov piatich členov pápežskej stráže a oznámil mu, že pápež mu prikazuje, aby sa okamžite vrátil do Ríma. Michelangelo sa odmietol vrátiť a pokračoval v ceste do Florencie.
Po návrate zašiel Michelangelo do Veľkej sály paláca Signorie, aby sa pozrel,ako pokračuje Leonardo da Vinci v práci na svojej freske Bitka pri Anghiari. Keď prišiel do sály zistil, že Leonardova freska je úplne zničená. Soderini mu vysvetlil, že Leonardo chcel použiť starodávnu metódu enkaustiky, do omietky pridal vosk a keď po dokončení nechal fresku sušiť ohňom, vosk sa roztopil a farby stiekli. Michelangelo bol Leonarda navštívíť v jeho dome a vyjadril mu svoju ľútosť nad tým, čo sa stalo.
O dva dni neskôr po Michelangela poslal Soderini, aby mu oznámil, že dostal od pápeža list: ak Signoria neprinúti Michelangela okamžite sa vrátiť do Ríma, Florencia stratí pápežovu pontifikálnu priazeň. Michelangelo sa odmietol vrátiť, ale začiatkom júla si ho Soderini nechal zavolať znovu, a povedal mu, že dostal od pápeža list, v ktorom mu oznamuje, že sa na Michelangela nehnevá, a že sa nemusí báť a má sa ihneď vrátiť do Ríma. Koncom augusta odišiel pápež z Ríma, dobyl Perugiu a vpochodoval do Bologne. Michelangelo si uvedomil, že prehral a novembri odišiel do Bologne, aby sa pomeril s pápežom. Michelangelo svoj pobyt v Bologni využil, a navštívil starých priateľov – Aldovrandiho a Clarissu.
Pápež prijal Michelangelovo ospravedlnenie a oznámil mu, že si želá, aby pre neho Michelangelo odlial bronzovú sochu s jeho podobizňou do vonkajšieho výklenku Chrámu sv. Petronia v Bologni. Michelangelo bol sklamaný, ale na pápežove naliehanie vyhotovil náčrty a po ich schválení nakúpil materiál a poslal do Ferrary po Argienta a do Florencie po dvoch zlievačov. Na Via de´Toschi si prenajal dom, nakúpil si starý nábytok a začal pracovať na bronzovej soche pápeža Júlia II. Keď Michelangelo poslal jedného zo zlievačov kúpiť vosk, zistil, že ho oklamal a bol nútený oboch zlievačov prepustiť. Pred veľkou nocou pápež naposledy schválil voskový model a odišiel aj so svojím vojskom späť do Ríma. V máji Michelangelo poslal po florentského zlievača – majstra Bernardina a v júni sa pokúsili sochu odliať. Po pás socha vyšla výborne, ale druhá polovica nevytvorila zliatinu. Michelangelo sa však nevzdal a spolu s Bernardinom sa pokúsili sochu odliať ešte raz. Druhý pokus bol úspešný a Michelangelo sa pustil do opilovávania a leštenia sochy.