Ústrednou postavou fresky je Ježiš Kristus so zdvihnutou pravicou, vedľa neho Panna Mária, na ľavej strane ľudia, ktorí idú hore, do neba, na pravej strane ľudia, idúci dole, do pekla. V tomto období vyhlásil pápež Pavol Michelangela za Sochára, Maliara a Architekta celého Vatikánu s doživotným dôchodkom sto dukátov mesačne. Michelangelo sa pustil do zväčšovania a prenášania kartónu na oltárnu stenu. V období, keď mal už hotové dve tretiny fresky musela Vittoria Colonna odísť z Ríma do kláštora sv. Kataríny vo Viterbe. Deň pred Sviatkom všetkých svätých, presne dvadsaťdeväť rokov od posvätenia klenby pápežom Júliom II., odslúžil pápež Pavol III. omšu na oslavu dokončenia Posledného súdu.
Pápež Michelangela požiadal, aby namaľoval dve fresky – Obrátenie sv. Pavla a Ukrižovanie sv. Petra na dve veľké steny v Paulínskej kaplnke, stojacej medzi Sixtínou a Chrámom sv. Petra. Zatiaľ, čo rozmýšľal nad freskami, zamestnával sa mramorom – dokončoval Mojžiša, vytesal Bruta, ktorého od neho nemilosrdne žiadala florentská kolónia a začal tesať Ráchel a Leu do dvoch výklenkov po oboch stranách Mojžiša na Júliov náhrobok. Hrdinský a Zomierajúci otrok, ani štyria nedokončení otroci sa nemohli stať súčasťou náhrobku, pretože výklenky boli pre nich primalé. Michelangelo dokončil skice Panny, Proroka a Sibyly a poslal po Raffaela da Montelupo, ktorý ich mal vytesať.
Michelangelo začal pracovať na návrhoch fresky Obrátenie sv. Pavla. Pápež vyhlásil súťaž na Farneský paláca (Palazzo Farnese) – na dokončenie druhého poschodia a ozdobnej rímsy. Súťaž vyhral Michelangelo.
Potom dokončil Obrátenie sv. Pavla, kde Krista, skláňajúceho sa z otvorenej oblohy, obkolesujú po oboch stranách bezkrídli anjeli. Pavol, ktorý spadol z koňa, omráčený a nastrašený zjavením, leží na zemi. Po dokončení tejto fresky sa začal pripravovať na Ukrižovanie sv. Petra a začal hrubo otesávať blok na Snímanie z kríža – súsošie štyroch postáv: Krista, podopieraného z jednej strany Pannou Máriou a z druhej Máriou Magdalénou a za nimi Nikodéma (autoportrét), ktorý pomáhal sňať Krista z kríža. Po smrti hlavného architekta Chrámu sv. Petra bol na jeho miesto pápežom vymenovaný Michelangelo, ktorý okamžite začal pracovať na stavbe nového Chrámu sv. Petra. Jedného dňa Michelangela navštívil Výbor rímskych konzervátorov a požiadal ho, aby zreštauroval Kapitolský vrch – Campidoglio. Michelangelo súhlasil a vyhlásil Tomassa de´ Cavalieri za svojho pomocníka. V tomto období zomrela Michelangelova najväčšia láska – Vittoria Colonna.
Michelangelo pracoval na freske Ukrižovanie sv. Petra v Paulínskej kaplnke.