Na prítomnosť otca biskupa sa študenti teológie vždy veľmi tešili, keďže im vedel ponúknuť na ich ťažkosti jednoduché riešenia."
Rokom 1950 sa začala písať nová epocha seminára. 14. apríla 1950 boli oficiálne zlikvidované rehoľné rády v Československu a o ďalších štrnásť dní sa uskutočnil tzv. Prešovský sobor, kedy predstavitelia vlády zrazili gréckokatolícku cirkev k zemi. Bohoslovecká akadémia bola násilne zatvorená a otec biskup Gojdič spolu so svojím pomocným biskupom Hopkom boli internovaní. Po istom procese bol Gojdič odsúdený na doživotné väzenie. Odviedli ho do samotky do Vadovíc, neskôr ho previezli do Leopoldova a Ilavy. Vo väzení prežil 13 rokov. Veľkou túžbou otca biskupa bolo zomrieť zaopatrený sviatosťami a na deň svojich narodenín. Obe túžby sa mu splnili. Jeho spoluväzňom v posledných chvíľach života bol ošetrovateľ František Ondruška, ktorý potvrdil, že sa otcovi Gojdičovi splnilo jeho prianie, teda zomrel dňa 17. júla 1960 na následky chorôb zapríčinených tamojším zlým zaobchádzaním. . Pochovaný bol bez akýchkoľvek pôct na väzenskom cintoríne v hrobe bez mena pod väzenským číslom 681. S otcom biskupom Gojdičom, v roku 1950, zmizol z tváre sveta aj seminár. Mnohí si mysleli, že naveky. Ale Boh sa postaral o svojich verných. V roku 1968 bola činnosť gréckokatolíckej cirkvi obnovená, lenže v dôsledku normalizácie sa plány na obnovu Bohosloveckej akadémie nedali realizovať. Bohoslovci však začali študovať. Hoci v obmedzenom počte, ale študovali! Pod svoje ochranné krídla ich prikryla Rímskokatolícka Cyrilometodská bohoslovecká fakulta v Bratislave. Obnoviť seminár a bohosloveckú fakultu sa podarilo až o 23 rokov, v roku 1990, kedy Gréckokatolícka bohoslovecká fakulta pôsobila ako súčasť Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach. Seminár sídlil v budove bývalého sirotinca na Sládkovičovej ulici. Po rozsiahlej rekonštrukcii starej budovy, pri posviacke v roku 1996, dostal seminár novú tvár i nové meno: Gréckokatolícky kňazský seminár biskupa Petra Pavla Gojdiča. Od roku 1998 je Gréckokatolícka bohoslovecká fakulta súčasťou novovzniknutej Prešovskej univerzity v Prešove. V seminári od roku 1992 vychádza časopis gréckokatolíckych bohoslovcov - Prameň. V nasledujúcom roku tu vzniká Spolok biskupa Petra Pavla Gojdiča, ktorý umožňuje vykonávať rôzne aktivity seminaristov. Túto tradíciu, liturgiu a obrad od roku 1993 reprezentuje aj Seminársky zbor svätého Romana Sladkopevca pod vedením dirigenta Pavla Vasiža. Modernou hudbou a evanjelizáciou mládeže sa zaoberá bohoslovecká hudobná skupina - Anastasis, ktorej prvé počiatky sa dajú datovať do decembra roku 1994.