Všetko naznačovalo, že čoskoro budú musieť byť nové voľby. Hlinka si želal, aby v nich Slováci vystúpili ako samostatná organizovaná politická sila. Z jeho podnetu sa konalo 1. októbra 1905 v Ružomberku na námestí ľudové zhromaždenie. Týmto zhromaždením sa začal národný pohyb, ktorý vyústil do založenia Slovenskej ľudovej strany. Podľa očakávania sa vládnu krízu nepodarilo prekonať a v apríli 1906 boli vypísane nove voľby. Slovenská ľudová strana sa predstavila voličstvu vlastným 12-bodovym programom a postavila 13 kandidátov. Andrej Hlinka bol požiadaný, aby vystupoval ako kandidát za ružomberský volebný okres. No túto kandidatúru neprijal a navrhol lekára Vavra Šrobára.
Voľby sa skončili skvelým víťazstvom SĽS. Do parlamentu sa dostalo 7 slovenských poslancov. Veľkým sklamaním však bola porážka V.Šrobára.
Maďarská strana sa neuspokojila iba volebným víťazstvom. Boli rozhodnutí ešte väčšmi pokoriť porazených, najmä Hlinku. Po voľbách vybrali z jeho prejavov výroky, ktoré pokladali za "vlastizradne", a vypracovali obžalobu, ktorú predložili cirkevnej i svetskej vrchnosti.
Biskup Párvy týmto obvineniam uveril a bez vypočutia druhej strany suspendoval Hlinku. Biskup neuvalil naňho cirkevný trest z pastoračných, ale politických dôvodov. Hlinka napísal biskupovi list, v ktorom oznamuje, že sa trestu podrobuje. Pokladá ho však za nespravodlivý, a preto predkladá celu záležitosť do Ríma na úradne vyšetrenie a rozhodnutie.27. februára 1909 bol vynesený rozsudok : suspenzia sa nepotvrdzuje. Pápež Pius X. potvrdil rozsudok a nariadil Párvymu, aby suspenziu zrušil.
Dna 27. júna 1906 Hlinku na stanici čakali žandári a odviedli ho do väznice ružomberskej sedrie. V dňoch 26. novembra až 6. decembra prebiehal v Ružomberku proces s Hlinkom a jeho 15 spoločníkmi. Rozsudok bol krutý : 11 odsúdení a 5 oslobodení. Hlinka dostal dva roky žalára a vysokú pokutu. 30. novembra 1907 musí nastúpiť do väzenia v Segedíne. Prepustili ho r.1910 ( 10.2.).

UDALOSTI V ČERNOVEJ
Po vynesení rozsudku sa A.Hlinka odvolal. Kým sa jeho žiadosť vybavovala, mohol sa pohybovať na slobode. Rozhodol sa, že čas pred nastúpením trestu využije na návštevy na Slovenku a na Morave.
Na jeseň 1907 absolvoval prednáškovú cestu po Morave a Česku. Odcestoval 14. októbra, a zostal tam až do nástupu väzby v Segedíne. Dňa 27. októbra 1907 dostal telegram s týmto textom : " V Černovej postrieľali ľudí pri posviacke." Černovská masakra otriasla celým svetom.