V najhoršej tv?dzi sa Štefánika ujal Ing. Antonín Vávra, profesor na českej technike.
Po určitom čase, ktorý strávil v Prahe sa rozhodne prestúpiť na univerzitu, aby sa mohol oddať štúdiu hvezdárstva. Márne bolo presviedčanie Antonína Vávru, že tejto vedeckej disciplíne sa môže venovať len študent, ktorý má výnimočné nadanie, je hmotne zabezpečený a má nádej, že po skončení štúdia dostane na niektorej hvezdárni miesto. Štefánik prežíval hrozný duševný boj. Vedeli o ňom iba jeho najbližší priatelia, ktorí mu často pomáhali ho prekonať. Milan Rastislav prestal veriť v boha, no pri pozorovaní vesmíru pociťoval, že musí existovať. 31.3.1901 napísal takúto báseň:
Ešte raz a naposledy!
Slysíš, Správče sveta!
Nevzhliadneš-li v líc môj bledý,
tak je po mne veta, veta.
Štefánik sa rozhodne odísť z Prahy, aby prišiel na iné myšlienky. Svoje útočisko nachádza v Švajčiarsku. kde sa uchytí u profesora Alfréda Wolfera. Okrem toho sa začína súkromne učiť francúzsky - už vtedy ho priťahoval Paríž. Po polročnom pobyte vo Švajčiarku sa Milan Rastislav Štefánik rozhodne vrátiť do Prahy, kde znova nájde otrasenú sebadôveru. Vrhá sa znova do spolkovej činnosti. Stáva sa opäť členom Detvana a chvíľu nato, sa stáva aj jeho predsedom. Za jeho predsedovania Detvan vchádza do obdobia nebývalého rozkvetu. Štefánik vedie spolok od teoretického ozrejmovania programu až k konkrétnym činom. Okrem iného prednáša aj o astrofyzikálnych výskumoch Slnka, a usporiada verejnú prednášku s premietaním obrázkov o Marse. Na výzvu Jana Herbena začína sústavne písať pondelkové úvodníky o slovenských veciach do časopisu realistov Čas, ktorý ideovo usmerňuje Tomáš Garyk Masaryk. Jeho články majú povzbudzovať v českej verejnosti záujem o Slovensko. Štefánik mal nevypovedateľnú fantáziu. Vždy keď chodieval v sychravom počasí na prednášky cez Karlovo námestie, kde stál skrehnutý výhybkár, rozmýšľal, ako sa dá nahradiť práca tohto robotníka. Po čase prišiel veci na koreň a staviteľovi Dvořákovi nakreslil schému zariadenia, pomocou ktorého by si električka samam prehadzovala výhybky. No, keďže bol iba chodobný študent u nikoho nevzbudil veľku dôveru takýmito odvážnymi nápadmi. Za necelý rok napísal dizertáciu "O novej hviezde v súhvezdí Kasiopeja z roku 1572", poskladal rigoróza a 18. októbra 1904 ho Jaroslav Vrchlický, prodekan Filozofickej fakulty Univerzity Karlovej, promoval za doktora filozofie. Rozhodol sa odísť do Paríža - čo bol v jeho situácii naozaj odvážny skutok.