Takto by sa na viacerých miestach uskutočnilo to, čo by ste Vy urobili iba na jednom mieste.
Ba hľadiac na väčšiu Božiu službu a na väčšiu pomoc dušiam v tých krajoch, ktorých dobro tak veľmi závisí od Portugalska, rozhodol som sa nariadiť Vám v mene svätej poslušnosti, aby ste sa medzi toľkými možnými cestami podujali na tú, čo vedie do Portugalska, a to pri prvej vhodnej príležitosti. Nariaďujem Vám to v mene Ježiša Krista, nášho Pána, hoci Vás nevolám preto, aby ste tu ostali, ale aby ste sa čoskoro vrátili do Indie..."
František neposlúchol tento vážny rozkaz, a to jednoducho preto, lebo keď ho Ignác Loyolský písal, František bol už pol roka mŕtvy. Keď napokon portugalskí námorníci prišli previezť Xavérove telesné pozostatky, s prekvapením zistili, že telo odvážneho misionára sa vápnom nerozložilo, ale ostalo neporušené. Pred Veľkou nocou 1554 ho dopravili do Goy, kde ho pochovali v jezuitskom kostole. Iba pravú ruku oddelili a previezli do Ríma, kde ju uložili do osobitného relikviára v kostole Al Ges?.
Úcta veľkého misionára sa po jeho smrti rýchlo rozšírila po celej Cirkvi. Pápež Pavol V. ho r. 1619 vyhlásil za blahoslaveného a pápež Gregor XV. v r. 1622 za svätého. V r. 1784 bol sv. František Xavérsky vyhlásený za patróna Ďalekého východu a r. 1904 za nebeského ochrancu Diela šírenia viery. Napokon v r. 1927 ho pápež Pius XI. spolu so sv. Teréziou z Lisieux vyhlásil za patróna všetkých misií.
O rozšírenej úcte sv. Františka Xavérskeho svedčia početné rehoľné, misijné a iné cirkevné ustanovizne, ktoré nesú meno tohto svätca a uctievajú si ho ako svojho osobitného ochrancu.