Získal vysoké ocenenie za objav prionov – proteínov, ktoré samy o sebe nie sú nebezpečné, ale v zmenenej podobe môžu vyvolať smrteľné mozgové onemocnenie ako u zvierat, tak aj u ľudí. Priony sa považujú za príčinu choroby šialených kráv ( BSE ) a Creucfeld – Jakobovej choroby ( CJD ) u ľudí. Na prionoch ako pôvodcoch vzniku infekčných chorôb je nové to, že nemajú žiaden dedičný materiál vo forme DNA alebo RNA.
V súčasnosti Prusiner pokračuje v štúdiu detailov biológie prionov, keď si uvedomuje, že vedomosti o prionových proteínoch je už veľa, ale sú ešte aj nezodpovedané otázky.