Darwin napokon dospel k záveru, že druhy, ktoré sa na ostrovoch vyskytujú, ako aj ich podobnosť s juhoamerickými živočíchmi, vyplývajú z toho, ako sa život na Galapágy dostal. Lávové ostrovy najprv kolonizovali rastliny - ich semená a výtrusy priniesol vietor a more. Len čo sa rastlinstvo stabilizovalo, šancu na to, aby sa uchytili, dostali aj živočíchy. Všetky zvieratá na Galapágoch - okrem tých, ktoré sem doniesol človek - už vyhynuli z náhodných ,, priekopníkov ". Lietajúce živočíchy - vtáky, netopiere a niektorý hmyz - sem prileteli z Južnej Ameriky, z čoho vyplýva ich podobnosť s druhmi, ktoré Darwin už poznal. Všetky ostatné zvieratá sa vyvinuli z predkov, ktorí sem priplávali na kmeňoch a pltiach z posplietaných rastlín; tieto plavidlá vyvrhli rieky po povodniach do mora a morské prúdy ich potom zaniesli až k ostrovom. Chúlostivé vajíčka žiab nemohli v slanej vode prežiť dlho, a aj keby azda sa na vegetácií či chaluhách dostali až na ostrovy, na suchých ostrovoch chýbala sladká voda, ktorú obojživelníky potrebujú. Naproti tomu vajíčka plazov majú tuhý obal, a tak bolo menej pravdepodobné, že sa poškodia, keď ich bude unášať prúd.

Najnápadnejšími plazmi na ostrovoch sú Galapágske korytnačky. Keď Darwin Galapágy navštívil, žili tu státisíce týchto korytnačiek. Na ostrovoch nemajú nepriateľov, a tak dorastú až do dĺžky 1,3 m, vážia asi 180 kg a dožívajú sa až vyše 100 rokov. Korytnačky nielenže na ostrovy dorazili - zrejme ako vajíčka alebo drobné korytnačky - v dostatočne veľkých počtoch, aby sa mohli roznožovať a kolonizovať nové územia, ale sa tu dokonca rozšírili a rozvinuli do niekoľkých variantov. Viceguvernér Galapágov Darwinovi povedal, že už na pohľad rozozná, z ktorého ostrova korytnačka pochádza. Darwin si to zaznamenal, hoci ešte význam tejto informácia nedokázal oceniť. Drobné rozdiely medzi korytnačkami vyplývali z miestnych podmienok. Na ostrovoch s hojnosťou vody a vegetácie korytnačky odštipujú trávu tesne pri zemi, takže ich pancier je nad krkom mierne zakrivený. Inde sa musia za potravou naťahovať do výšky, a tak majú dlhý krk a pancier sa im vpredu dvíha ako sedlo.

Podobne sa rozvinuli aj leguány. Na ostrovoch žili dva druhy, ale Darwin sa domnieval, že museli mať rovnakého predka a až potom sa obidva druhy odčlenili - zrejme preto, aby lepšie využili dostupnú potravu. Suché leguány sa živia výhonkami a semenami kaktusov, kým morské leguány riasami v chladných podmorských vodách.