Sú teda dva druhy mikroorganizmov: aeróbne a anaeróbne.

Pasterizácia - Dokázal, že všadeprítomná octová huba produkuje octové kvasinky a tým narúša vznik udržanie vína. Dokázal,že minútové zohriatie vína v uzavretej fľaši na 69-75oC
zabraňuje neskoršiemu rozkladu. Objavil tak princíp pasterizácie, čo je v podstate zníženie počtu mikróbov vo výrobkoch podliehajúcich zmenám pôsobením tepla. Pri opatrnom ohriatí na teploty pod 100oC sa v nich zničia vegetatívne formy mikroorganizmov a výrazne sa tak zvýši trvanlivosť produktu. Pasterizácia sa stala základom rozvoja potravinárskej chémie. Používa sa však aj v zdravotníctve
Očkovanie – R.1870 objavil obidvoch pôvodcov chorôb priadky morušovej, a tak zachránil existenčne ohrozený hodvábnicky priemysel v Lyone. Skúmal aj pôvodcu slepačej cholery a vyvinul proti nemu, ako aj proti pôvodcovi slezinovej sneti, z oslabených vírusov očkovaciu látku (vakcínu). Čo však Pasteurovi prinieslo nepominuteľnú slávu, bolo jeho víťazstvo nad besnotou, kt. sa takmer vždy skončila smrťou, bola v tých časoch nevyliečiteľná. Pochopil, že musí využiť inkubačnú bodu. Nakoniec našiel vhodnú latku a po pokusoch na psoch, tento experiment vyskúšal na dieťati, kt. zachránil život.