V decembri toho istého roku sa mala uskutočniť i voľba prezidenta, v ktorej chcela HSĽS zohrať úlohu jazýčka na váhach. Tiso bol pri rokovaniach asi iba sprostredkovateľom, rozhodujúce slovo vo voľbe prezidenta mal stále Hlinka. Tiso však Hlinkovu voľbu Beneša ovplyvnil, pretože Beneš ešte pred samotnou voľbou prisľúbil Tisovi, že ak za neho bude HSĽS hlasovať, do roka po svojom zvolení za prezidenta vyrieši slovenskú otázku uskutočnením autonómie ale Beneš tento svoj sľub nikdy nesplnil.
Rok 1939 sa začal vyhrotením vzťahov medzi Čechmi a Slovákmi. Toto vyhrotenie vyvrcholilo 8. marca 1939, keď bola vláda na Slovensku prevzatá českými generálmi a slovenská autonómna vláda zbavená legitímnosti. O 3 dni neskôr prezident Hácha vymenoval novú autonómnu vládu na čele s K. Sidorom. Tisa skontaktovali Hitlerovi agenti a ponúkli mu vojenskú pomoc na ochranu autonómie. Tiso s poďakovaním odmietol. 13. marca 1939 dostal Tiso od Hitlera pozvánku do Berlína. Tiso, po súhlase predsedníctva HSĽS, do Berlína išiel. Tu mu Hitler predostrel svoje požiadavky a žiadal od neho aby vyhlásil samostatnosť Slovenska, inak Slovensko padne spolu s Čechami. Tiso vyhlásil, že takéto rozhodnutie môže urobiť len slovenský snem. Hitler mu ukázal telegram, v ktorom stálo, že maďarské vojská sa koncentrujú na južných hraniciach Slovenska. Tiso stále trval na zvolaní slovenského snemu, ktorý musí rozhodnúť. Nakoniec svoju požiadavku presadil a odletel do Bratislavy. V Bratislave sa konalo mimoriadne zasadnutie slovenského snemu. Program bol nasledovný: Dr. Karol Sidor podal demisiu, ktorú snem prijal. Hneď nato referoval Tiso o svojom rozhovore s Hitlerom. Snem Slovenskej krajiny sa uzniesol, že je za samostatný Slovenský štát. Dňa 14. marca 1939 vznikol samostatný Slovenský štát, deň nato vznikol protektorát Čechy a Morava. 18. marca sa zišiel v Berlíne Tiso, ako predseda slovenskej vlády, s Hitlerom. Hitler od Tisu žiadal prevzatie ochrany Slovenska Nemeckou ríšou a tým vlastne úplné podriadenie sa Nemeckej ríši. Tiso za takýchto podmienok nebol ochotný rokovať a vstal od stola. Hitler nakoniec prehlásil, že to je len žiadosť jeho generálov, o ktorej sa dá rokovať. Výsledkom týchto rokovaní bolo podpísanie ”Ochrannej zmluvy” (Schutzvertrag). V zmluve sa Slovensko zaviazalo viesť svoju zahraničnú a vojenskú politiku v súlade s Nemeckom a dalo súhlas k pobytu nemeckých vojsk na časti západného Slovenska.
Dňa 26. októbra 1939 bol za prezidenta Slovenskej republiky Slovenským snemom jednohlasne zvolený dr. Jozef Tiso. Tlak Nemecka, podporovaný radikálnym krídlom HSĽS (V. Tuka, A.