Alžbeta Mary uväznila a v roku 1587 ju po dlhom váhaní dala popraviť. Poprava Mary povzbudila Španielsko k útoku na Anglicko. V roku 1588 bolo Španielske loďstvo definitívne porazené v bitke u Gravelines. Alžbeta stála na čele veľkého dvora , ktory počas jej panovania žil v niekoľkých kráľovských palácoch- Hampton Court, Greenwich, Richmond, Whitehall a Windsor. Nikdy nebývala v londýnskom Toweri, ktorý bol miestom jej dvojmesačného väznenia počas panovania jej sestry Mary. Každé leto podnikala kráľovná cesty do južného a stredného Anglicka, aby propagovala popularitu kráľovského dvora. Kráľovná mala hŕstku obľúbených dvoranov, v ktorých spoločnosti sa rada bavila. Nazývala ich svojimi obľúbencami a vyžadovala od nich neobmedzenú lásku a poslušnosť. Alžbeta aj s pribúdajúcimi rokmi nestratila zmysel pre nákladný odev a vypracované klenoty. Považovala za povinnosť byť stále upravená a predstierať večnú sviežu mladosť. Preto nosila parochňu a natierala sa bielym krémom, ktorý zakrýval vrásky a jamky po kiahňach.Jej zdravotný
stav bol aj naďalej dobrý ,len v noci nemohla spávať a preto hrala karty so svojimi obľúbencami.
Kráľovná Alžbeta zomrela 24. marca 1603 v 69 rokoch. Nikdy nevymenovala svojho nástupcu .
Nakoniec sa na trón dostal syn najväčšej Alžbetinej sokyne Mary Stuartovej James VI.
Pohreb kráľovny bol vystrojený grandioznym spôsobom. Lordi pochodovali okolo rakvi a niesli heraldické vlajky. Pochovali ju vo Westminsterskom opátstve.