Odišiel z Cambridge a prijal štátnu funkciu v Londýne ako správca kráľovskej mincovne v rokoch 1696 až 1699. svojho postavenia v Cambridge sa však nevzdal. Ako správca mincovne sa stal veľmi bohatým mužom.
Roku 1703 ho zvolili za prezidenta Kráľovskej spoločnosti. V tejto funkcii ho každý rok potvrdili až do jeho smrti. Roku 1705 bol ako prvý vedec za svoju prácu pasovaný kráľovnou Annou za rytiera. Ani posledná časť Newtonovho života nebola jednoduchá. Kvárili ho spory s Leibnizom kvôli prvenstvu objavu „diferenciálnej metódy“. Z moci prezidenta Kráľovskej spoločnosti vymenoval „nestrannú komisiu“, ktorá mala spor rozhodnúť. Oficiálnu správu komisie napísal sám.(aj keď nie pod vlastným menom). Keď ju Kráľovská spoločnosť zverejnila, napísal (opäť ako anonym) recenziu, ktorú publikoval vo Philosophical Transactions of the Royal Society. Newtonov asistent Whiston, ktorý bezprostredne videl jeho záchvaty hnevu, napísal: “Newton bol jednou z najbojazlivejších, najopatrnejších a najpodozrievavejších osobností, ktoré som vo svojom živote poznal.“
Meno Isaaca Newtona nesie aj kráter Newton na Mesiaci.