Počas dlhého pobytu v Miláne vyprodukoval množstvo iných malieb a kresieb z ktorých sa však väčšina nezachovala. Okrem iného vytvoril kolosálnu bronzovú sochu Francesca Sforzu pre súdny dvor Castello Sforzecso. V decembri 1499 Sforzova rodina odišla z Milána. Leonardo urobil kópiu aj z hliny. Francúzke vojská však sochu roztavili a vyrobili z nej delo a hlinený model bol zničený taktiež pretože ho použili ako cvičný cieľ. V roku 1500 sa vrátil do Florencie.

IV Návrat do Florencie
V roku 1502 vstúpil do služieb vojvodu Cesara Beorgia, generála pápežskej armády. Ako jeho šéf architekt a inžinier pracoval na mnohých pevnostiach na pápežských územiach v strednom Taliansku. Bol členom komisie rozhodujúcej o umiestnení Michelanglovho Dávida. Koncom roku 1503 začal pripravovať dekorácie Veľkej Haly Palazza Verochi,. Premetom bolo víťazstvo Florencie vo vojne proti Pise. Namaľoval mnoho kresieb a kompletný “komiks” nástennú maľbu nikdy nedokončil. Samotná maľba bola zničený v 17. stor. Zachovali sa iba kópie, pričom jednu stvoril aj Pierre Rubens.
Počas svojho druhého Florentského obdobia namaľoval niekoľko portrétov ale zachoval sa iba jeden, a to jeho svetoznáma Mona Lisa (1503-1506) jeden z najoslavovanejších portrétov vôbec. Známa je taktiež pod menom La Giaconda podľa mena svojho manžela. Leonardo mal o obraz nezvyčajný záujem a brával ho so sebou na svoje nespočetné cesty.

V Neskoršie cesty a smrť
V roku 1506 bol povolaný do Milána Charles d´Ambojom. Nasledujúci rok bol menovaný dvorným maliarom francúzskeho kráľa Ľudovíta XII. Ďalších šesť rokov strávil cestovaním medzi Milánom A Florenciou. V Miláne pokračoval v začatých projektoch a pracoval na jazdeckej soche pre Giana Giacama Trivulzia, veliteľa francúzskych jednotiek mesta. I keď ju nedokončil náčrty a štúdie boli uchované. Od 1514 žil v Ríme pod patronátom pápeža Leva X. V roku 1516 odcestoval do Francúzska a vstúpil do služieb Františka I. Posledné roky strávil v Chateau de Cloux, pri Ambois kde aj zomrel 2. mája 1519.

VI Maľby
I keď Leonardo vyprodukoval iba malé množstvo obrazov, z ktorých väčšinu aj nedokončil, bol neuveriteľne inovatívny a vplyvný umelec. Počas mladosti sa jeho štýl podobal Verocchiovi ale postupne sa vzďaľoval od učiteľa. Jeho ranné klaňanie troch kráľov” prinieslo novú kompozíciu kde sú hlavné postavy zoskupené v popredí, zatiaľ čo pozadie tvoria ruiny a scéna bitky. Jeho štýlové inovácie sú badateľnejšie v “Poslednej večeri” v ktorej pojal tradičnú metódu iným spôsobom.