V dobe, keď Ascanio Condivi vydával svoj Život Michelangela Buonarrotiho, pracoval umelec na Piete, ktorú zamýšľal pre svoj vlastný náhrobok; jedna zo štyroch postáv súsošia, takzvaný Nikodém (Jozef Arimatejský), je pravdepodobne Michelangelov portrét. Michelangelo pracoval na tomto súsoší v rokoch 1550 – 1555, ale nakoniec ho v záchvate zúrivosti rozbil. Gorgio Vasari uvádza, že ho neskôr zlepil a podľa pôvodných modelov sčasti dorobil Michelangelov priateľ Tiberio Calcagni; prepracoval ako sa zdá celú postavu Márie Magdalény a potom sochu predal Pierantoviovi Bandinimu. Nejakých 10 rokov stála na vinici pri jeho vile, odtadiaľ bola prevezená do Florencie a od roku 1722 sa nachádza v tamojšom dóme. Táto Pieta však nebola podľa všetkého jediná, ktorú kedy Michelangelo začal; onedlho na to pracoval totiž na ďalšej verzii tohto námetu. Súsošie známe pod názvom Pieta Palestrina (Galleria dell’ Accademie, Florencia), sa div nerozpadá prudkosťou telesného a duchovného utrpenia postáv. Pri notárskom súpise umelcových pozostalostí sa našlo v jeho dielni mimo oného „veľké začaté a nedokončené súsošie predstavujúce Krista a ďalšiu postavu za ním“; šlo s najväčšou pravdepodobnosťou o tzv. Pietu Rondanini, posledné dielo z Michelangelovej ruky, ktoré je dnes v zbierkach milánskeho Castello Sforza. Súsošie tvoria dve vertikálne postavy, Mária a jej mŕtvy syn, ktorého podopiera v bolestivom, srdcervúcom zovretí.
Jeho posledné dni života pripomínajú posledné dni dokonalého titana. Ešte 12.2. 1564 celý deň pracoval, pravdepodobne na Piete Rondanini; štrnásteho si oko obvykle vyšiel na koni, aj pre nie práve najpriaznivejšie počasie; pätnásteho si chcel znovu zajazdiť, ale mal horúčku a klesala mu hlava; vrátil sa domov a sadol si k ohňu, kde sa lepšie cítil ako v posteli. O tri dni na to, t.j. 18.2. 1564 zomrel vo veku skoro deväťdesiat rokov. Keď cítil, že sa blíži smrť, odkázal v záveti „svoju dušu Bohu, svoje telo zemi a svoje dedičstvo najbližším príbuzným“. Keď prišiel jeho synovec Lionardo z Florencie, ležalo už Michelangelovo telo v katafalku v kostole San Apostoli. Lionardo predstieral, že plní pokyny svojho strýka a dal ostatky previesť takmer v tajnosti v noci do Florencie, aby nevzbudil pozornosť Rimanov, ktorí si chceli ponechať svojho velikána pre seba.
Florencia usporiadala Michelangelovi okázalí pohreb v kostole San Lorenzo. Smútočné obrady dopodrobna opísal Vasari, ktorý pri nich hral významnú úlohu; pripomína pri tom mená štyroch najvýznamnejších umelcov vtedajšej Florencie, ktorí sa mali postarať o obrady a náhrobok.