za nového pápeža, poveril Michelangela prácami na svojom náhrobku, ktorý sa potom stal zdrojom umelcových večných strastí, celej tej „tragédie náhrobku“, ako sa vyjadril Condivi. Július II., prudký človek, ktorý nepoznal v ničom mieru, túžil po tak monumentálnom náhrobku, že sa jednu dobu uvažovalo o jeho umiestnení uprostred chrámu, ktorý vtedy začal stavať Bramante a to priamo v mieste, kde sa nachádza hrob sv. Petra. Neskôr sa pápež uspokojil s menej ambicióznym návrhom, s pravouhlým náhrobkom s tromi stenami opretými o stenu chrámu. Na vrchole náhrobku mali dva anjeli podpierať ležiacu sochu pápeža a na rohoch mali sedieť štyria proroci. Jedným z nich je preslávený Mojžiš, jediná Michelangelova socha z pôvodných návrhov, ktorá zdobí definitívny náhrobok Júlia II.
Počiatkom roku 1506 sa Michelangelo vrátil z Ríma do Carrery, kam sa vybral, aby si na mieste vybral mramory. Tie dorazili do Ríma po mori už skôr a zaberali značnú časť nábrežia. Pretože chcel dostať svoje záväzky späť, Michelangelo zaplatil výlohy s dopravou so svojho – a potom mu začali starosti; mal čím ďalej väčšie problémy s vymáhaním peňazí, ktoré potreboval, aby mohol pokračovať v práci. Keď jedného dňa požiadal o rozhovor s pápežom, ktorého chcel poprosiť o to, čo mu bolo sľúbené, bol jednoducho vyhodený. Rozzúrený sa rozhodol odísť z Ríma, sadol do poštového vozu, aby bol čo najskoršie preč, pretože sa bál, že za ním pošle pápež svojich ľudí a nezastavil sa skôr ako v Poggibonsii na florentskom území, kde sa cítil v bezpečí pred akýmkoľvek stíhaním.
Po dlhšom vyjednávaní sa sochár a pápež nakoniec v novembri toho istého roku, čiže roku 1506, v Bologni zmierili. Július II. Zasypával Michelangela novými a novými prácami, čím avšak odďaľoval dokončenie svojho náhrobku. Najskôr mu zadal zhotoviť svoju bronzovú podobizeň pre bolognský chrám San Petronio a Michelangelo na nej pracoval celé dva roky, ktoré len premárnil, pretože obyvatelia Bologne sochu onedlho po osadení strhli a zničili. Po dokončení tohto portrétu sa Michelangelo pustil na príkaz Júlia II. do výzdoby stropu Sixtínskej kaplnky, na ktorej pracoval celé štyri roky, čo znamenalo ďalšie zdržanie prác na náhrobku.
Pápeži, ktorí nastúpili po Júliovi II., sa starali predovšetkým o svoje vlastné plány a mali pochopiteľne len pramalý záujem o náhrobok svojho predchodcu.
Z druhej strany však na Michelangela naliehali vykonávatelia Júliovej závete, ktorý vyžadoval, aby dodržal svoje záväzky. Bola to zmes vplyvných ľudí a sochár s nimi uzavrel príslušné zmluvy. Za pontifikátu Leva X. mal, ako sa zdá, niekoľko rokov kľud, a tak mohol (asi v rokoch 1515 – 16) dokončiť aspoň Mojžiša.