Podľa prípravných skíc mala mať kompozícia dynamický treí prvok, v tomto prípade mačku, ktorá mala v rozpore s hieratickosťou a neprístupnosťouflorentských Madon prispieť k poľudšteniu Matky s dieťaťom motívom hry. Známa Madona v skalách má dve verzie. Prvá je dokončená a je celá z Leonardovej ruky; vznikla na objednávku jedného milánskeho bratstva, ale obrazu sa zmocnil Lodovico Sforza. Druhú namaľoval zrejme pod Leonardový vedením jeho žiak Ambrogio de Predis.
Klaňanie sa troch kráľov je nedokončená práca, ktorá má mimoriadny význam pre štúdium maliarovej techniky. Znamenal tiež výraznú zmenu v chápaní tohto tradičného námetu. Na obraze vidíme vážnu tajomnú udalosť, vzbudzujúcu úžas v zhromaždených postavách. Svätý Hieronym, dielo z Leonardovho prvého florentského obdobia, zobrazuje prenikavo expresívnu svätcovú postavu, ktorá dokonale zodpovedá maliarovým názorom na eminentne výrazovú hodnotu tvárí a gest, ktoré opísal vo svojich Úvahách o mailarstve. Dáma s hranstajom bola identifikovaná ako portrét ecílie Galeraniovej, favoritky Lodovica Mora. Napriek priateľstvu, ktoré táto dáma prechovávala k Leonardovi a aj napriek narážke, ktorú možno predpokladať v hranostajovi (po grécky galé), nejestvuje doklad, ktorý by potvrdzoval, že ide o jej portrét. Rozhodne však nie je náhodná podobnosť vo výraze mladej krásnej ženy so zvieraťom v náručí. Leonardo chcel poukázať na určitú plachosť, ale aj na hrdú, neskrotnú povahu, spojenú s priorodzenou čistotou.
Leonardové štylistické inovácie sú asi najviac viditeľné v diele Posledná večera, v ktorej reprezentoval tradičný motív úplne novým spôsobom. Namiesto toho, aby zobrazil 12 apoštolov ako individuálne postavy, pozoskupoval ich ako dynamické kompozičné celky po troch, zbýrazňujúc postavu Krista, ktorý je akoby izolovaný v centre obrazu. Začlenenie výjavu do reálneho priestoru refektára predstavuje vrchol florentskej perspektívy. Tri otvory v pozadí s výhľadom krajiny vytvárajú ilúziu nekonečnej hĺbky s odvážnym protisvetlom.
Známe sú tiež dve zobrazenia Svätej Anny Samotretej. Jedno ako kartón, ktorý nebol niukdy realizovaný na plátne (je uložený v Londýnskej národnej galérii), pretože sa naspomína v nijakom prameni. Pre svoju pôsobivú modeláciu a bohatú drapériu sa kresba prirovnávala k bohyniam Feidiových reliéfov na Partenone. Všetky štyri postavy, ktoré akoby uhýbali pohľadom, sa vyznačujú obdivuhodnou prirodzenosťou, pritom však nestrácajú nič z monumentality a symbolickosti. Druhý obraz sa nachádza v Louvri. Ihlanová kompozícia postáv dosahuje v tomto diele obťažnú a odvážnu dynamickú rovnováhu.