Završením básnického stvárnenia slovenských ludových rozprávok a triptychovým uzavretím tejto tematiky je kniha Tiché papradie (1990). V knihe Dve osudové (1991) spojil svoje eseje Štyri epištoly k ludom z roku 1968 s básnickou skladbou Murárska balada, ktorá je zovšeobecnením konkrétnych osudov básnikovho rodu. Kniha je ilustrovaná výtvarnými dielami básnikovho liptovského spolurodáka Kolomana Sokola. Knihou lyrických miniatúr s poetologickým pozadím krestanských modlitieb je zbierka Modlitbicky (1992), ktorá vyšla vo viacerých reedíciách, ako aj s rozšíreným obsahom pod názvom Nové modlitbicky (1994). Podobnú tematiku, no s motivickým zázemím dialógu dietata a otca, má aj kniha Pamätnícek Modlitby za dieta (1995). Filozoficko-meditatívny charakter má básnická zbierka Neskorý autoportrét (1992), v ktorej básnik sumuje prežitú skutocnost, rovnako ako zbierka Cítanie z údelu (1996). Nevinnost ako príslub vytúženej harmónie stíšeným hlasom oslavuje v osobnej básnickej spovedi Žalmy o nevinnej (1998).

Poézia M. Rúfusa vyšla v priebehu rokov vo viacerých výberoch (Triptych - 1969, Básne - 1972, 1975, A co je básen - 1978 a i). Je aj autorom kníh esejí Clovek, cas a tvorba (1968), Štyri epištoly k ludom (1969) a O literatúre (1974), Epištoly staré a nové (1996). V prekladatelskej tvorbe sa venoval ceskej a ruskej poézii i dráme. Z nórciny preložil dramatickú básen H. Ibsena Peer Gynt (1966), zo španielciny výber z poézie klasika kubánskej literatúry J. Martího (Znamenie života, 1988). Takisto prebásnil Knihy žalmov (1991) a Jeremiášov nárek (1998).