Šafárik prežíval detstvo v okolí Kobeliarova. Základy školského vzdelania, ako to zhodne uvádzajú životopisci, získal od otca. Pričom všetci vychádzajú zo zápisov jeho syna Vojtecha. Ten píše v knihe Co vyprávěl P. J. Šafařík...: „Když mu ale v 7 mém roce jen jednou abecedu celou ukázal, tu on sám hravě čísti se naučil, a již pak celý den na peci sedával čítaje. Do 8 ho roku již dvakráte byl celou bibli přečetl, a jedno ze zalíbených jeho zaměstnání bylo, že bratřím a sestře, jakož i lidem domácím kázával." Škola a učiteľ sa tu vôbec nespomína.
V životopisoch P. J. Šafárika sa uvádza, že na jeho národné povedomie vplýval v Kobeliarove jeden z tamojších písmakov menom Novák, ktorý mu požičiaval na čítanie české knihy. S najväčšou pravdepodobnosťou ide o tamojšieho učiteľa, „ludimagistra" Tomáša Nováka. Dôležitejším faktorom ale, ktorý vplýval na Šafárikovo národné povedomie bolo prostredie v ktorom žil. Tvorilo ho slovenský ľud, jeho piesne, rozprávky a povesti o zbojníkoch, spolu s krásou okolnej prírody. O hĺbke a intenzite vplyvu kobeliarovského prostredia na Šafárika, svedčia jeho spomienky na detstvo. Vedel si ich veľmi živo vybaviť i po 50 - 60 rokoch, ako to vidieť v už vyššie spomenutej publikácií Co vyprávěl P. J. Šafařík.. .

V rokoch 1805 - 08 študoval v Rožňave. Niektorí životopisci spomýnajú nižšie gymnázium. Osobne som skôr s týmy, ktorí hovoria o evanjelickej škole, ktorá sa práve v nástupnom roku P. J. Šafárika postupne menila vo „vyššiu" strednú (latinskú) školu. Keďže Šafárik tu študoval len tri ročníky, viacerí životopisci sa prikláňajú k názoru, že nastúpil hneď do druhého ročníka donatistov. Počas rožňavských štúdií býval Šafárik u Ujházyho, kde sa zároveň stravoval, tak ako ďalší študenti i dievčatá, ktoré sa prišli do Rožňavy naučiť nemčinu a šitie. P. J. Šafárik pod vedením a osobným dohľadom svojho profesora, od roku 1806 aj svojho príbuzného, a jeho dcéry vydatej za Ujházyho, úspešne rozšíril svoje vedomosti a vzdelanie. Okrem povinnej latinčiny osvojil si maďarčinu a nemčinu. Na jeseň roku 1808 odišiel P. J. Šafárik na štúdium humaniora do Dobšinej, hoci mohol pokračovať v syntaxi a rétorike. Hlavným dôvodom jeho odchodu bolo opäť pravdepodobne hmotné postavenie rodiny. Štúdium bolo výhodnejšie, pretože tu mohol bývať a aj býval, u sestry Márie, ktorá sa sem presťahovala z Rožňavy. P. J. Šafárik študoval v Dobšinej 2 roky, a to v školských rokoch 1808/1809 a 1809/1810. V štúdiu na dobšinskej škole dosiahol ešte krajšie úspechy než v Rožňave.