Aderjána, kde učebný plán obsahoval predmety: jus naturae, jus privatum civile et criminale, scienciae politicae, ktorý skončil vo všetkých predmetoch ako eminenter;
c) teologického u profesora Daniela Mihálika, kde si výborne osvojil dogmatickú a morálnu teológiu, úvod do kníh sv. Písma (hermeneutiku), gréčtinu a hebrejčinu.

Ako podmienku pre prijatie na nemeckú univerzitu a získanie niektorého zo štipendií pre „uhorských" študentov v Nemecku vykonal kandidátikum z teológie u K. Genersicha s prospechom „eminenter profectus in theolog. praeparatoris".
Štúdium a pobyt v Kežmarku mal pre formovanie osobnosti P.J. Šafárika, ako básnika a neskoršieho vedca európskeho ba svetového formátu veľký význam. Sám o tom napísal vo vlastnom, po nemecky napísanom životopise.
P. J. Šafárik sa v štúdiu vyznačoval mimoriadnou usilovnosťou, vynikal v „mravoch" (v správaní) i v prospechu, za čo ho v jednom i v druhom hodnotili známkou „eminens". Šafárik si dokonale osvojil nemčinu a klasické jazyky. V teologickom kurze sa učil gréčtinu a hebrejčinu. Gréčtina a latiničina mu otvárali brány k antickej a latinskej literatúre. Vedomosti poskytované školou si Šafárik rozširoval a prehlboval sebavzelávaním, v čom mu vytvárala vhodné pomienky bohatá lyceálna knižnica, ale aj diela a časopisy, ktoré si sám kupoval. Štúdium hitórie a vedomosti z nej formovali v Šafárikovi historické vedomie, v ktorom začínala zaujímať dôležité miesto láska k českému a k slovenskému národu, postupne sa rozširujúc na národ srbský a neskôr na všetky slovanské národy. Tu na evanjelickom lýceu v Kežmarku sa spriatelil s J. Blahoslavom, ako aj poľskými, srbskými, ukrajinskými študentmi, čo taktiež ovplyvnilo jeho slovanskú orientáciu a literárnu, najmä básnickú tvorbu. Šafárikova láska k rodnému kraju, vlasti, národu a jazyku našla konrétny výraz v básnicej tvorbe a v zbieraní slovenských ľudových piesní. Výsledkom básnickej tvorby v Kežmarku bola oslavná báseň na Ondreja Máriassyho, patróna lýcea, baróna z Markušoviec a Batizoviec z príležitosti jeho návratu ako kolonela pešiakov z vojny proti Napoleonovi - Ode festival. Do literatúry sa však uviedol básnickou zbierkou Tatranská Múza s lyrou slovanskou (Levoča 1814).
Na odporúčanie riaditeľa, alebo z niektorého z profesorov, Šafárik, ako vynikajúci študent, ktorý bol len rok rétorom, a rok preskočil do filozofie, prijal v roku 1812 miesto súkromného vychovávateľa v rodine Dávida Goldbergera. Práve v tomto období, ako je už spomenuté vyššie, nastali v jeho rodnom Kobeliarove veľké zmeny. Dňa 14. decembra mu umrela matka, ktorú veľmi miloval a otec sa po pol roku oženil druhý krát so spomínanou Rozáliou.