Načrtol v ňom dejiny gymnázia, hovoril o profesoroch a ich vyučovacích povinnostiach, potom vyjadril svoje pedagogické názory na koncepciu školy, zoznámil prítomných s návrhom reforiem, ktoré plánoval uskutočniť. Nový riaditeľ zapôsobil na Srbov veľmi priaznivým dojmom. Okrem P. J. Šafárika všetci profesori boli Srbi. P. J. Šafárik zástával funciu riaditeľa päť rokov. Ako riaditeľ mal ambiciózne plány. Šafárikovou koncepciou bolo vytvoriť gymnázium podľa gréckeho vzoru. Hneď po prebratí funkcie, sa podarilo Šafárikovi presadiť drobnejšie zmeny v učebnom pláne, rozšírením učebných predmetov o kreslenie, resp. rysovanie. Pozitívne bojo prijaté i zbieranie kníh pre budúcu knižnicu. Šafárik mal osobitnú radosť z toho, že do tvoriacej sa knižnice, do jej fondu, pribúdali vzácne staroslovienske literárno - historické pamiatky. V inauguračnej reči uviedol, že na gymnáziu bude on sám vyučovať matematiku (algebru i geometriu), fyziku, logiku, rétoriku, poéziu, štylistyku a bude vykladať klasikov v I. humanitnej triede. Tak sa aj stalo. Prednášal po latinsky, po nemecky a po zosilnení maďarizačných tendencií, keď zasiahli aj novosadské gymnázium, v posledných dvoch - troch rokoch pobytu vyučoval aj maďarčinu ako vyučovací predmet.
Počas prvých dvoch rokov novosadského účinkovania býval Šafárik v dome bohatého mešťana Servického. Roku 1821 požiadal Šafárika synovec srbského patriarchu, aby prevzal výchovnú starostlivosť nad jeho synom. Ako odmenu dostal k dispozícii časť ich domu v Novom Sade, kde býval, a o stravu a byt sa mu starala kuchárka, ktorú mu platili.
Dňa 17. júna 1822 sa P. J. Šafárik oženil s 19 ročnou Júliou Ambróziou. Pochádzala z drobnej slovenskej zemianskej rodiny. Narodila sa vo Veľkej Kikinde (Maďarsko) 19. novembra 1803. Jej otec pochádzal z Paludze (okr. Liptovský Mikuláš) a matka z Jasenovej na Orave. Manželka P. J. Šafárika - ako uvádzajú životopisci - bola inteligentná, neobyčajne sčítaná a temperamentná. Ovládala tri resp. štyri slovanské jazyky: slovenčinu, češtinu, srbštinu a ruštinu. Manželovi veľa pomáhala pri jeho vedeckej práci.
Šafárikova situácia v Novom Sade sa zhoršila po roku 1824, keď rakúska vláda zakázala srbskej pravoslávnej cirkvi zamestnávať evanjelických vzdelancov z Uhorska na gymnáziách a vo svojich službách. Šafárik dostal výnimku, s tým že nebude vykonávať funkciu riaditeľa.
P. J. Šafárikovi sa po zásahu vlády začali hromadiť problémy, narastať hmotné, finančné a iné ťažkosti. Príjem sa mu zmenšil práve vtedy, keď ho najviac potreboval, pretože v rodine pribúdali deti. V Novom Sade sa Šafárikovcom narodilo päť detí: Ľudmila (21. 2. 1824 - 28. 4. 1824), Milena (17. 7. 1825 - 4. 4.